租税特別措置法 第37条の13

第37条の13 （特定中小会社が発行した株式の取得に要した金額の控除等）

平成十五年四月一日以後に、次の各号に掲げる株式会社（以下この項及び第37条の13の3第1項において「特定中小会社」という。）の区分に応じ当該各号に定める株式（以下この項、第3項及び第5項並びに同条において「特定株式」という。）を払込み（当該株式の発行に際してするものに限る。以下同条までにおいて同じ。）により取得（第29条の2第1項本文の規定の適用を受けるものを除く。以下第37条の13の3までにおいて同じ。）をした居住者又は恒久的施設を有する非居住者（当該取得をした日においてその者を判定の基礎となる株主として選定した場合に当該特定中小会社が法人税法第2条第10号に規定する同族会社に該当することとなるときにおける当該株主その他の政令で定める者であつたものを除く。）が、当該特定株式を払込みにより取得をした場合における第37条の10第1項及び第37条の11第1項の規定の適用については、政令で定めるところにより、その年分の第37条の10第1項に規定する一般株式等に係る譲渡所得等の金額又は第37条の11第1項に規定する上場株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上、その年中に当該払込みにより取得をした特定株式（その年十二月三十一日において有するものとして政令で定めるものに限る。以下この条において「控除対象特定株式」という。）の取得に要した金額として政令で定める金額（以下第3項までにおいて「控除対象特定株式取得金額」という。）の合計額（適用前の一般株式等に係る譲渡所得等の金額（この項の規定を適用しないで計算した場合における第37条の10第1項に規定する一般株式等に係る譲渡所得等の金額をいう。次項において同じ。）及び適用前の上場株式等に係る譲渡所得等の金額（この項の規定を適用しないで計算した場合における第37条の11第1項に規定する上場株式等に係る譲渡所得等の金額をいう。次項において同じ。）の合計額（以下この項及び第3項において「適用前の株式等に係る譲渡所得等の金額の合計額」という。）が当該控除対象特定株式取得金額の合計額に満たない場合には、当該適用前の株式等に係る譲渡所得等の金額の合計額に相当する金額）を控除する。 一中小企業等経営強化法第6条に規定する特定新規中小企業者に該当する株式会社　当該株式会社により発行される株式 二内国法人のうちその設立の日以後十年を経過していない株式会社（中小企業基本法（昭和三十八年法律第154号）第2条第1項各号に掲げる中小企業者に該当する会社であることその他の財務省令で定める要件を満たすものに限る。）　当該株式会社により発行される株式で次に掲げるもの 三内国法人のうち、沖縄振興特別措置法第57条の2第1項に規定する指定会社で平成二十六年四月一日から令和九年三月三十一日までの間に同項の規定による指定を受けたもの　当該指定会社により発行される株式

２ 前項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする年分の確定申告書に、同項の規定の適用を受けようとする旨の記載があり、かつ、控除対象特定株式取得金額、適用前の一般株式等に係る譲渡所得等の金額、適用前の上場株式等に係る譲渡所得等の金額及び同項の控除の計算に関する明細書その他の財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。

３ 令和八年一月一日以後に控除対象特定株式を払込みにより取得をした第1項に規定する居住者又は恒久的施設を有する非居住者は、その年において生じた特定株式控除未済額（その年分の適用前の株式等に係る譲渡所得等の金額の合計額が控除対象特定株式取得金額の合計額に満たない場合におけるその満たない部分の金額のうち、同項第1号又は第2号に定める特定株式に係る部分の金額として政令で定めるところにより計算した金額をいう。以下この条において同じ。）がある場合には、その年分の確定申告書（前条第9項（第37条の13の3第10項において準用する場合を含む。）又は第41条の15第5項において準用する所得税法第123条第1項（同法第166条において準用する場合を含む。）の規定による申告書を含む。第5項及び第9項において同じ。）の提出と同時に、納税地の所轄税務署長に対し、第1号に掲げる金額から第2号に掲げる金額を控除した金額に相当する所得税の還付を請求することができる。 一その年の前年分の一般株式等に係る課税譲渡所得等の金額（第37条の10第1項に規定する一般株式等に係る課税譲渡所得等の金額をいう。以下この条において同じ。）及び上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額（第37条の11第1項に規定する上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額をいう。以下この条において同じ。）（次条第4項において準用するこの項の規定の適用がある場合には、当該一般株式等に係る課税譲渡所得等の金額及び上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額から同条第4項に規定する設立特定株式控除未済額を控除した金額。次号において同じ。）につき第37条の10第1項及び第37条の11第1項の規定に準じて計算した所得税の額 二その年の前年分の一般株式等に係る課税譲渡所得等の金額及び上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額から当該特定株式控除未済額を控除した金額につき第37条の10第1項及び第37条の11第1項の規定に準じて計算した所得税の額

４ 前項の場合において、同項に規定する控除した金額に相当する所得税の額がその年の前年分の一般株式等に係る課税譲渡所得等の金額及び上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額に係る所得税の額（次条第4項において準用する前項の規定の適用がある場合には、同項に規定する控除した金額に相当する所得税の額を控除した金額）（国税通則法第2条第4号に規定する附帯税の額を除く。）を超えるときは、前項の還付の請求をすることができる金額は、当該一般株式等に係る課税譲渡所得等の金額及び上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額に係る所得税の額に相当する金額を限度とする。

５ 第3項の規定は、同項の居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、その年の前年分の所得税につき第1項第1号又は第2号に定める特定株式をその年中に払込みにより取得をする見込みである旨その他の財務省令で定める事項を記載した書類の添付がある確定申告書をその提出期限までに提出している場合（税務署長においてやむを得ない事情があると認める場合には、当該申告書をその提出期限後に提出した場合を含む。）であつて、その年分の確定申告書をその提出期限までに提出した場合（税務署長においてやむを得ない事情があると認める場合には、当該申告書をその提出期限後に提出した場合を含む。）に限り、適用する。

６ 所得税法第125条第1項から第3項まで又は第5項（これらの規定を同法第166条において準用する場合を含む。）の規定に該当してこれらの規定に規定する申告書を提出する者は、その年の中途において死亡をした第3項の居住者又は恒久的施設を有する非居住者のその年において生じた特定株式控除未済額がある場合には、政令で定めるところにより、当該申告書の提出と同時に、当該申告書に係る所得税の納税地の所轄税務署長に対し、第1号に掲げる金額から第2号に掲げる金額を控除した金額に相当する所得税の還付を請求することができる。 一当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者のその年の前年分の一般株式等に係る課税譲渡所得等の金額及び上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額（次条第4項において準用するこの項の規定の適用がある場合には、当該一般株式等に係る課税譲渡所得等の金額及び上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額から同条第4項に規定する設立特定株式控除未済額を控除した金額。次号において同じ。）につき第37条の10第1項及び第37条の11第1項の規定に準じて計算した所得税の額 二前号の居住者又は恒久的施設を有する非居住者のその年の前年分の一般株式等に係る課税譲渡所得等の金額及び上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額から当該特定株式控除未済額を控除した金額につき第37条の10第1項及び第37条の11第1項の規定に準じて計算した所得税の額

７ 第4項の規定は、前項の場合について準用する。

８ 第6項の規定は、同項の居住者又は恒久的施設を有する非居住者がその年の前年分の所得税につき第5項に規定する書類の添付がある確定申告書をその提出期限までに提出している場合（税務署長においてやむを得ない事情があると認める場合には、当該申告書をその提出期限後に提出した場合を含む。）であつて、第6項に規定する申告書を提出する者が当該申告書をその提出期限までに提出した場合（税務署長においてやむを得ない事情があると認める場合には、当該申告書をその提出期限後に提出した場合を含む。）に限り、適用する。

９ 第3項の居住者若しくは恒久的施設を有する非居住者又は当該居住者若しくは恒久的施設を有する非居住者が年の中途において死亡をした場合におけるその相続人等（相続人（包括受遺者を含む。以下この項において同じ。）又は当該相続人がその相続の開始があつたことを知つた日の翌日から四月を経過した日の前日（同日前に当該相続人が出国（所得税法第2条第1項第42号に規定する出国をいう。以下この項において同じ。）をする場合には、その出国の時）までに次項の還付請求書を提出しないで死亡をした場合における当該相続人の相続人をいう。第1号において同じ。）が、第3項又は第6項の規定による還付の請求をしようとする場合であつて、その年分の所得税につき確定申告書を提出すべき場合及び提出することができる場合のいずれにも該当しない場合には、次に定めるところによる。 一当該居住者若しくは恒久的施設を有する非居住者又はその相続人等は、第3項又は第6項に規定する所得税の還付を請求できるものとする。 二第3項から前項までの規定は、前号の還付の請求をする場合について準用する。この場合において、第3項中「その年分の確定申告書（前条第9項（第37条の13の3第10項において準用する場合を含む。）又は第41条の15第5項において準用する所得税法第123条第1項（同法第166条において準用する場合を含む。）の規定による申告書を含む。第5項及び第9項において同じ。）の提出と同時に、納税地」とあるのは「納税地」と、同項第1号中「この項」とあるのは「第9項第2号において準用するこの項」と、第4項中「前項の規定」とあるのは「第9項第2号において準用する前項の規定」と、第5項中「その年分の確定申告書をその提出期限までに提出した場合（税務署長においてやむを得ない事情があると認める場合には、当該申告書をその提出期限」とあるのは「第10項の還付請求書をその年の翌年三月十五日（その者が同日前に出国（第9項に規定する出国をいう。以下この項及び第8項において同じ。）をする場合には、その出国の時。以下この項において同じ。）までに提出した場合（税務署長においてやむを得ない事情があると認める場合には、当該還付請求書をその年の翌年三月十五日」と、第6項中「所得税法第125条第1項から第3項まで又は第5項（これらの規定を同法第166条において準用する場合を含む。）の規定に該当してこれらの規定に規定する申告書を提出する者は、その年の中途において死亡をした第3項の居住者又は恒久的施設を有する非居住者の」とあるのは「第3項の居住者又は恒久的施設を有する非居住者が年の中途において死亡をした場合において、その者の」と、「場合には、政令」とあるのは「ときは、その相続人等（第9項に規定する相続人等をいう。）は、政令」と、「当該申告書の提出と同時に、当該申告書に係る所得税」とあるのは「当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者」と、同項第1号中「この項」とあるのは「第9項第2号において準用するこの項」と、前項中「申告書を提出する者が当該申告書をその提出期限までに提出した場合（税務署長においてやむを得ない事情があると認める場合には、当該申告書をその提出期限」とあるのは「相続人等が第10項の還付請求書をその相続の開始があつたことを知つた日の翌日から四月を経過した日の前日（同日前に当該相続人等が出国をする場合には、その出国の時。以下この項において同じ。）までに提出した場合（税務署長においてやむを得ない事情があると認める場合には、当該還付請求書をその四月を経過した日の前日」と読み替えるものとする。

１０ 第3項又は第6項（これらの規定を前項第2号において準用する場合を含む。以下この項及び第13項において同じ。）の規定による還付の請求をしようとする者は、その還付を受けようとする所得税の額、その計算の基礎その他財務省令で定める事項を記載した還付請求書に特定株式控除未済額の計算に関する明細書その他の財務省令で定める書類を添付して、第3項又は第6項に規定する税務署長に提出しなければならない。

１１ 税務署長は、前項の還付請求書の提出があつた場合には、その請求の基礎となつた特定株式控除未済額その他必要な事項について調査し、その調査したところにより、その請求をした者に対し、所得税を還付し、又は請求の理由がない旨を書面により通知する。

１２ 前項の規定による還付金について国税通則法第58条第1項に規定する還付加算金を計算する場合には、その計算の基礎となる同項の期間は、第3項又は第6項（これらの規定を第9項第2号において準用する場合を含む。）の規定による還付の請求がされた日（第3項又は第6項の規定による還付の請求がされた日がこれらの規定に規定する申告書の提出期限前である場合にはその提出期限とし、同号において準用する第3項又は第6項の規定による還付の請求がされた日が同号において準用する第5項又は第8項の還付請求書の提出期限前である場合にはその提出期限とする。）の翌日以後三月を経過した日からその還付のための支払決定をする日又はその還付金につき充当（同法第57条第1項の規定による充当をいう。以下この項において同じ。）をする日（同日前に充当をするのに適することとなつた日がある場合には、その適することとなつた日）までの期間とする。

１３ 第3項又は第6項の規定の適用がある場合における国税通則法の規定の適用については、同法第2条第6号ハ（１）中「又は雑損失の金額」とあるのは「若しくは雑損失の金額又は租税特別措置法第37条の13第3項若しくは第6項（特定中小会社が発行した株式の取得に要した金額の控除等）（これらの規定を同条第9項第2号において準用する場合を含む。）に規定する特定株式控除未済額」と、「同法」とあるのは「これらの法律」と、同法第19条第4項第2号ハ中「）又は」とあるのは「）、」と、「）の」とあるのは「）又は租税特別措置法第37条の13第11項（特定中小会社が発行した株式の取得に要した金額の控除等）の」とする。

１４ 第1項の規定の適用を受けた場合又は第11項の規定による所得税の還付を受けた場合における控除対象特定株式と同一銘柄の株式の取得価額の計算の特例、これらの場合において控除対象特定株式をその取得の日の属する年の翌年中に譲渡をしたときにおける当該控除対象特定株式と同一銘柄の株式の取得価額の計算の特例その他前各項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。