租税特別措置法 第59条の3

第59条の3

青色申告書を提出する法人が、令和七年四月一日から令和十四年三月三十一日までの間に開始する各事業年度（以下この項において「対象事業年度」という。）において、特許権譲渡等取引（居住者（第2条第1項第1号の二に規定する居住者をいう。）若しくは内国法人（関連者であるものを除く。）に対する特定特許権等の譲渡又は他の者（関連者であるものを除く。以下この項において同じ。）に対する特定特許権等の貸付け（特定特許権等に係る権利の設定その他他の者に特定特許権等を使用させる行為を含む。）をいう。以下この項において同じ。）を行つた場合には、次に掲げる金額のうちいずれか少ない金額の百分の三十に相当する金額は、当該対象事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。 一次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める金額 二当該対象事業年度の所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額

２ この条において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。 一関連者　法人で、前項の法人との間にいずれか一方の法人が他方の法人の発行済株式又は出資（当該他方の法人が有する自己の株式又は出資を除く。）の総数又は総額の百分の五十以上の数又は金額の株式又は出資を直接又は間接に保有する関係その他の政令で定める特殊の関係のあるものをいう。 二特定特許権等　次に掲げるもののうち我が国の国際競争力の強化に資するものとして財務省令で定めるもの（第5号イにおいて「適格特許権等」という。）であつて、前項の法人が令和六年四月一日以後に取得又は製作をしたものをいう。 三研究開発　次に掲げる行為をいう。 四研究開発費の額　次に掲げる金額の合計額（当該金額に係る費用に充てるため他の者から支払を受ける金額がある場合には、当該金額を控除した金額）をいう。 五適格研究開発費の額　研究開発費の額のうち、次に掲げる金額以外の金額をいう。

３ 第1項の法人である通算法人の各事業年度（当該通算法人に係る通算親法人の事業年度終了の日に終了するものに限る。）について同項の規定を適用する場合には、同項第2号に掲げる金額は、当該通算法人及び他の通算法人（同日において当該通算法人との間に通算完全支配関係があるものに限る。）の当該事業年度又は同日に終了する事業年度の法人税法第64条の5第1項に規定する通算前所得金額及び通算前欠損金額を基礎として同条及び同法第64条の7の規定により計算した当該通算法人の所得の金額として政令で定める金額とする。

４ 第1項の法人が、各事業年度において、当該法人に係る関連者との間で特許権譲受等取引を行つた場合に、当該特許権譲受等取引につき当該法人が当該関連者に支払う対価の額が独立企業間価格に満たないときは、当該法人の当該事業年度以後の各事業年度における同項の規定の適用については、当該特許権譲受等取引は、独立企業間価格で行われたものとみなす。

５ 前項に規定する独立企業間価格とは、特許権譲受等取引の対価の額について第66条の4第2項に規定する方法に準じて算定した金額（当該特許権譲受等取引が同条第1項に規定する国外関連取引である場合には、同項に規定する独立企業間価格）をいう。

６ 第1項の法人が当該法人に係る関連者との特許権譲受等取引を他の者（当該法人に係る他の関連者を除く。以下この項において「非関連者」という。）を通じて行う場合として政令で定める場合における当該法人と当該非関連者との特許権譲受等取引は、当該法人と当該関連者との間で行われた特許権譲受等取引とみなして、第4項の規定を適用する。

７ 第1項の規定の適用を受けようとする法人が、当該事業年度において、当該法人に係る関連者との間で特許権譲受等取引（第66条の4第1項に規定する国外関連取引に該当するものを除く。以下第11項までにおいて同じ。）を行つた場合には、当該特許権譲受等取引に係る第4項に規定する独立企業間価格を算定するために必要と認められる書類として財務省令で定める書類（その作成に代えて電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によつては認識することができない方式で作られる記録であつて、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。以下この条において同じ。）の作成がされている場合における当該電磁的記録を含む。）を、当該事業年度（当該特許権譲受等取引を行つた事業年度が令和七年四月一日前に開始した事業年度である場合には、同日以後最初に開始する事業年度）の法人税法第74条第1項又は第144条の6第1項若しくは第2項の規定による申告書の提出期限までに作成し、又は取得し、財務省令で定めるところにより保存しなければならない。

８ 前項の法人が当該事業年度の前事業年度において当該法人に係る一の関連者との間で行つた特許権譲受等取引（前事業年度がない場合その他の政令で定める場合には、当該事業年度において当該法人と当該一の関連者との間で行つた特許権譲受等取引）につき当該一の関連者に支払う対価の額の合計額が三億円未満である場合又は当該法人が前事業年度において当該一の関連者との間で行つた特許権譲受等取引がない場合として政令で定める場合における当該法人が当該事業年度において当該一の関連者との間で行つた特許権譲受等取引に係る第4項に規定する独立企業間価格を算定するために必要と認められる書類及び前項の法人が当該事業年度において当該法人に係る関連者との間で行つた特許権譲受等取引により研究開発費の額が生じない場合又は当該特許権譲受等取引により生ずる研究開発費の額が第1項の規定により損金の額に算入される金額の計算の基礎となることが見込まれない場合における当該特許権譲受等取引に係る第4項に規定する独立企業間価格を算定するために必要と認められる書類については、前項の規定は、適用しない。

９ 国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、法人に各事業年度における同時文書化対象特許権譲受等取引（前項の規定の適用がある特許権譲受等取引以外の特許権譲受等取引をいう。以下この項において同じ。）に係る第7項に規定する財務省令で定める書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この項において同じ。）若しくはその写しの提示若しくは提出を求めた場合においてその提示若しくは提出を求めた日から四十五日を超えない範囲内においてその求めた書類若しくはその写しの提示若しくは提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示若しくは提出がなかつたとき、又は法人に各事業年度における同時文書化対象特許権譲受等取引に係る第4項に規定する独立企業間価格（第14項において準用する第66条の4第8項本文の規定により当該独立企業間価格とみなされる金額を含む。）を算定するために重要と認められる書類として財務省令で定める書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この項において同じ。）若しくはその写しの提示若しくは提出を求めた場合においてその提示若しくは提出を求めた日から六十日を超えない範囲内においてその求めた書類若しくはその写しの提示若しくは提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示若しくは提出がなかつたときに、当該法人の各事業年度における同時文書化対象特許権譲受等取引に係る第4項に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるときは、その必要と認められる範囲内において、当該法人の当該同時文書化対象特許権譲受等取引に係る事業と同種の事業を営む者に質問し、当該事業に関する帳簿書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この条において同じ。）を検査し、又は当該帳簿書類（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求めることができる。

１０ 国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、法人に各事業年度における同時文書化免除特許権譲受等取引（第8項の規定の適用がある特許権譲受等取引をいう。以下この項において同じ。）に係る第4項に規定する独立企業間価格（第14項において準用する第66条の4第8項本文の規定により当該独立企業間価格とみなされる金額を含む。）を算定するために重要と認められる書類として財務省令で定める書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この項において同じ。）又はその写しの提示又は提出を求めた場合において、その提示又は提出を求めた日から六十日を超えない範囲内においてその求めた書類又はその写しの提示又は提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示又は提出がなかつたときに、当該法人の各事業年度における同時文書化免除特許権譲受等取引に係る第4項に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるときは、その必要と認められる範囲内において、当該法人の当該同時文書化免除特許権譲受等取引に係る事業と同種の事業を営む者に質問し、当該事業に関する帳簿書類を検査し、又は当該帳簿書類（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求めることができる。

１１ 国税庁の当該職員又は法人の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、法人の特許権譲受等取引に係る第4項に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるときは、前二項の規定に基づき提出された帳簿書類（その写しを含む。）を留め置くことができる。

１２ 前三項の規定による当該職員の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。

１３ 国税庁、国税局又は税務署の当該職員は、第9項又は第10項の規定による質問、検査又は提示若しくは提出の要求をする場合には、その身分を示す証明書を携帯し、関係人の請求があつたときは、これを提示しなければならない。

１４ 第66条の4第8項から第15項まで及び第26項から第30項までの規定は、法人が当該法人に係る関連者との間で行つた特許権譲受等取引につき、第4項の規定を適用する場合について準用する。この場合において、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。

１５ 第1項の規定は、同項の規定の適用を受けようとする事業年度の確定申告書等に同項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書、その損金の額に算入される金額の計算の基礎となつた取引に当該法人に係る関連者との間で行つた特許権譲受等取引がある場合における当該関連者の名称及び本店又は主たる事務所の所在地その他財務省令で定める事項を記載した書類その他財務省令で定める書類（次項において「明細書等」という。）の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、第1項の規定により損金の額に算入される金額は、当該申告に係るその損金の額に算入されるべき金額に限るものとする。

１６ 税務署長は、前項の申告の記載又は添付がない確定申告書等の提出があつた場合においても、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び明細書等の提出があつた場合に限り、第1項の規定を適用することができる。

１７ 第1項の規定の適用を受けた法人の同項の規定により損金の額に算入された金額は、法人税法第67条第3項及び第5項の規定の適用については、これらの規定に規定する所得等の金額に含まれるものとする。

１８ 第2項及び前三項に定めるもののほか、第1項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算、第9項及び第10項の帳簿書類（その写しを含む。）の留置きに関する手続その他第1項、第3項から第8項まで、第11項又は第14項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。