租税特別措置法 第42条の4

第42条の4 （試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除）

青色申告書を提出する法人（人格のない社団等を含む。以下この章において同じ。）の各事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において、試験研究費の額がある場合には、当該法人の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額から、当該事業年度の控除対象試験研究費の額に次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める割合（当該割合に小数点以下三位未満の端数があるときはこれを切り捨てた割合とし、当該各号に定める割合が百分の十を超えるときは百分の十とする。）を乗じて計算した金額（以下この項において「税額控除限度額」という。）を控除する。この場合において、当該税額控除限度額が、控除上限額（当該法人の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額の百分の二十五に相当する金額をいう。）を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該控除上限額を限度とする。 一増減試験研究費割合が百分の三を超える場合（第3号に掲げる場合を除く。）　百分の八・五に、当該増減試験研究費割合から百分の三を控除した割合に〇・二五を乗じて計算した割合を加算した割合 二増減試験研究費割合が百分の三以下である場合（次号に掲げる場合を除く。）　百分の八・五から、百分の三から当該増減試験研究費割合を減算した割合に十三分の八・五を乗じて計算した割合を減算した割合（当該割合が零に満たないときは、零） 三当該事業年度が設立事業年度である場合又は比較試験研究費の額が零である場合　百分の八・五

２ 前項に規定する法人の令和三年四月一日から令和十一年三月三十一日までの間に開始する各事業年度における同項の規定の適用については、同項の税額控除限度額は、同項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる事業年度の区分に応じ当該各号に定める金額とする。 一令和九年四月一日前に開始する事業年度（第3号に掲げる事業年度を除く。）　当該事業年度の控除対象試験研究費の額に次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める割合（当該割合に小数点以下三位未満の端数があるときはこれを切り捨てた割合とし、それぞれ次に定める割合が百分の十四を超えるときは百分の十四とする。）を乗じて計算した金額 二令和九年四月一日以後に開始する事業年度（次号に掲げる事業年度を除く。）　当該事業年度の控除対象試験研究費の額に次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める割合（当該割合に小数点以下三位未満の端数があるときはこれを切り捨てた割合とし、それぞれ次に定める割合が百分の十四を超えるときは百分の十四とする。）を乗じて計算した金額 三試験研究費割合が百分の十を超える事業年度　当該事業年度の控除対象試験研究費の額に次に掲げる割合を合計した割合（当該割合に小数点以下三位未満の端数があるときはこれを切り捨てた割合とし、当該合計した割合が百分の十四を超えるときは百分の十四とする。）を乗じて計算した金額

３ 第1項に規定する法人の次の各号に掲げる事業年度における同項の規定の適用については、同項の控除上限額は、同項の規定にかかわらず、当該法人の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額の百分の二十五に相当する金額に当該各号に定める金額（次の各号に掲げる事業年度のいずれにも該当する事業年度にあつては、当該各号に定める金額の合計額）を加算した金額とする。 一次に掲げる要件を満たす事業年度　当該調整前法人税額の百分の十五に相当する金額 二令和五年四月一日から令和十一年三月三十一日までの間に開始する各事業年度のうち次に掲げる事業年度　当該調整前法人税額に次に掲げる事業年度の区分に応じそれぞれ次に定める割合（イに掲げる事業年度がイ（１）及びハに掲げる事業年度のいずれにも該当する場合にはイ（１）に定める割合とハに定める割合とのうちいずれか高い割合とし、ロに掲げる事業年度がロ（１）及びハに掲げる事業年度のいずれにも該当する場合にはロ（１）に定める割合とハに定める割合とのうちいずれか高い割合とする。）を乗じて計算した金額

４ 中小企業者（適用除外事業者（第19項第8号の二に規定する政令で定めるものを除く。）又は通算適用除外事業者に該当するものを除く。）又は農業協同組合等（当該農業協同組合等が通算親法人である場合には、他の通算法人の全てが中小企業者に該当するものとして政令で定めるものに限る。）で、青色申告書を提出するもの（以下この項において「中小企業者等」という。）の各事業年度（第1項の規定の適用を受ける事業年度、解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において、試験研究費の額がある場合には、当該中小企業者等の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額から、当該事業年度の控除対象試験研究費の額の百分の十二に相当する金額（以下この項において「中小企業者等税額控除限度額」という。）を控除する。この場合において、当該中小企業者等税額控除限度額が、中小企業者等控除上限額（当該中小企業者等の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額の百分の二十五に相当する金額をいう。）を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該中小企業者等控除上限額を限度とする。

５ 前項に規定する中小企業者等の令和三年四月一日から令和十一年三月三十一日までの間に開始する各事業年度のうち次の各号に掲げる事業年度における同項の規定の適用については、同項の中小企業者等税額控除限度額は、同項の規定にかかわらず、当該事業年度の控除対象試験研究費の額に、百分の十二に当該各号に定める割合を加算した割合（当該割合に小数点以下三位未満の端数があるときはこれを切り捨てた割合とし、当該加算した割合が百分の十七を超えるときは百分の十七とする。）を乗じて計算した金額とする。 一増減試験研究費割合が百分の十二を超える事業年度（設立事業年度、比較試験研究費の額が零である事業年度及び試験研究費割合が百分の十を超える事業年度を除く。）　当該増減試験研究費割合から百分の十二を控除した割合に〇・三七五を乗じて計算した割合 二試験研究費割合が百分の十を超える事業年度（設立事業年度及び比較試験研究費の額が零である事業年度のいずれにも該当しない事業年度で増減試験研究費割合が百分の十二を超える事業年度を除く。）　百分の十二に控除割増率（当該試験研究費割合から百分の十を控除した割合に〇・五を乗じて計算した割合（当該割合が百分の十を超えるときは、百分の十）をいう。）を乗じて計算した割合 三増減試験研究費割合が百分の十二を超え、かつ、試験研究費割合が百分の十を超える事業年度（設立事業年度及び比較試験研究費の額が零である事業年度を除く。）　次に掲げる割合を合計した割合

６ 第4項に規定する中小企業者等の令和三年四月一日から令和十一年三月三十一日までの間に開始する各事業年度のうち次の各号に掲げる事業年度における同項の規定の適用については、同項の中小企業者等控除上限額は、同項の規定にかかわらず、当該中小企業者等の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額の百分の二十五に相当する金額に当該各号に定める金額を加算した金額とする。 一増減試験研究費割合が百分の十二を超える事業年度（設立事業年度及び比較試験研究費の額が零である事業年度を除く。）　当該調整前法人税額の百分の十に相当する金額 二試験研究費割合が百分の十を超える事業年度（前号に掲げる事業年度を除く。）　当該調整前法人税額に当該試験研究費割合から百分の十を控除した割合に二を乗じて計算した割合（当該割合に小数点以下三位未満の端数があるときはこれを切り捨てた割合とし、当該計算した割合が百分の十を超えるときは百分の十とする。）を乗じて計算した金額

７ 青色申告書を提出する法人の各事業年度（第1項の規定の適用を受ける事業年度、解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において当該法人の試験研究費の額がその比較試験研究費の額を超える場合において、当該法人が繰越税額控除限度超過額を有するときは、当該事業年度の所得に対する調整前法人税額から、当該繰越税額控除限度超過額に相当する金額を控除する。この場合において、当該法人の当該事業年度における繰越税額控除限度超過額が当該法人の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額の百分の二十五に相当する金額（当該事業年度において第4項の規定の適用を受ける場合には、当該法人の同項に規定する中小企業者等控除上限額から、同項の規定により当該事業年度の所得に対する調整前法人税額から控除される金額を控除した残額）を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該百分の二十五に相当する金額を限度とする。

８ 通算法人に係る第1項、第4項又は前項の規定の適用については、次に定めるところによる。 一通算子法人（当該通算子法人に係る通算親法人の第1項、第4項又は前項に規定する事業年度終了の日において当該通算親法人との間に通算完全支配関係があるものに限る。）については、第1項中「事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）」とあるのは「事業年度」と、第4項及び前項中「、解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く」とあるのは「を除く」とする。 二通算法人の適用対象事業年度（当該通算法人の第1項に規定する事業年度（当該通算法人に係る通算親法人の同項に規定する事業年度終了の日に終了する事業年度に限る。）又は当該通算法人の第4項に規定する事業年度（当該通算法人に係る通算親法人の同項に規定する事業年度終了の日に終了する事業年度に限る。）をいう。以下この条において同じ。）終了の日において当該通算法人との間に通算完全支配関係がある他の通算法人（第12号及び第16号を除き、以下第11項までにおいて「他の通算法人」という。）の当該適用対象事業年度終了の日に終了する事業年度（以下この条において「他の事業年度」という。）の試験研究費の額がある場合には、当該通算法人の適用対象事業年度の第1項又は第4項の試験研究費の額は、あるものとする。 三前号の通算法人の適用対象事業年度の第1項の税額控除限度額又は第4項の中小企業者等税額控除限度額は、税額控除可能額（イに掲げる金額とロに掲げる金額とのうちいずれか少ない金額をいう。以下この項及び次項において同じ。）に当該通算法人の当該適用対象事業年度の所得に対する調整前法人税額がハに掲げる金額のうちに占める割合（以下この条において「控除分配割合」という。）を乗じて計算した金額（以下この項及び次項において「税額控除可能分配額」という。）とする。 四前号の場合において、他の通算法人の各事業年度の試験研究費の額又は当該他の通算法人の他の事業年度の控除対象試験研究費の額若しくは所得に対する調整前法人税額が当初申告試験研究費の額又は当初申告控除対象試験研究費の額若しくは当初申告調整前法人税額（それぞれ当該他の事業年度の確定申告書等に添付された書類に当該各事業年度の試験研究費の額又は当該他の事業年度の控除対象試験研究費の額若しくは所得に対する調整前法人税額として記載された金額をいう。以下この号において同じ。）と異なるときは、当初申告試験研究費の額又は当初申告控除対象試験研究費の額若しくは当初申告調整前法人税額を当該各事業年度の試験研究費の額又は当該他の事業年度の控除対象試験研究費の額若しくは所得に対する調整前法人税額とみなす。 五第3号の場合において、税額控除可能額が当初申告税額控除可能額（通算法人の適用対象事業年度の確定申告書等に添付された書類に当該適用対象事業年度の税額控除可能額として記載された金額をいう。次号及び第7号において同じ。）以上であるとき（税額控除可能分配額が当初申告税額控除可能分配額（当該適用対象事業年度の確定申告書等に添付された書類に当該適用対象事業年度の税額控除可能分配額として記載された金額をいう。以下この号及び次号において同じ。）と異なる場合に限る。）は、当初申告税額控除可能分配額を当該適用対象事業年度の税額控除可能分配額とみなす。 六第3号の場合において、税額控除可能額が当初申告税額控除可能額に満たないときは、次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定めるところによる。 七第3号の通算法人の適用対象事業年度において生じた欠損金額のうち法人税法第64条の7第2項に規定する特定欠損金額以外の金額（以下この号及び第12項において「非特定欠損金額」という。）が当該適用対象事業年度の確定申告書等に添付された書類に当該適用対象事業年度において生じた非特定欠損金額として記載された金額を超える場合（当該適用対象事業年度の確定申告書等（期限後申告書に限る。第12項において「期限後確定申告書」という。）に添付された書類に同法第64条の5第1項に規定する通算前欠損金額（同法第64条の6の規定によりないものとされたものを除く。以下この号及び第12項において「通算前欠損金額」という。）として記載された金額がある場合を含む。）において、当該適用対象事業年度における第3号イに掲げる金額と当該適用対象事業年度における同号ロに掲げる金額から当該超える場合におけるその超える部分の金額（当該通算前欠損金額として記載された金額がある場合には、その記載された金額を含む。）を当該通算法人の当該適用対象事業年度の所得の金額とみなして当該所得の金額につき同法第66条の規定並びに第67条の2及び第68条の規定を適用するものとした場合に計算される法人税の額の百分の二十五に相当する金額を控除した金額とのうちいずれか少ない金額（当該通算法人の適用対象事業年度において前号の規定の適用がある場合には、同号イに規定する税額控除超過額を加算した金額。以下この号において「調整後税額控除可能額」という。）が当初申告税額控除可能額に満たないときは、当該通算法人の適用対象事業年度の所得に対する法人税の額は、同法第66条第1項、第3項及び第6項並びに第69条第19項（同条第23項又は第24項において準用する場合を含む。）の規定、前号ロ（次条第2項又は第42条の5第3項第2号において準用する場合を含む。）、第42条の14第1項、第67条の2第1項及び第68条第1項の規定その他法人税に関する法令の規定にかかわらず、これらの規定により計算した法人税の額に、当初申告税額控除可能額から調整後税額控除可能額を控除した金額に相当する金額を加算した金額とする。 八第3号の通算法人の次に掲げる場合における同号の規定の適用については、同号イに掲げる金額は、同号の規定にかかわらず、同号イに規定する合計額にそれぞれ次に定める割合を乗じて計算した金額とする。 九第3号の通算法人の次に掲げる場合における同号及び第7号の規定の適用については、第3号ロに掲げる金額及び第7号に規定する百分の二十五に相当する金額は、これらの規定にかかわらず、第3号ロに掲げる金額及び第7号に規定する百分の二十五に相当する金額に、それぞれ次に定める金額を加算した金額とする。 十前二号の規定の適用がある場合における第4号の規定の適用については、同号中「の各事業年度の試験研究費の額」とあるのは「の各事業年度の試験研究費の額、当該他の通算法人の平均売上金額」と、「当初申告試験研究費の額」とあるのは「当初申告試験研究費の額、当初申告平均売上金額」と、「当該各事業年度の試験研究費の額」とあるのは「当該各事業年度の試験研究費の額、当該他の通算法人の平均売上金額」とする。 十一第3号の場合には、第1項後段及び第4項後段の規定は、適用しない。 十二前項に規定する各事業年度の試験研究費の額が比較試験研究費の額を超える場合は、通算法人の繰越適用対象事業年度（当該通算法人の同項に規定する各事業年度（当該通算法人に係る通算親法人の同項に規定する各事業年度終了の日に終了する事業年度に限る。）をいう。以下この項及び第10項において同じ。）の試験研究費の額及び当該繰越適用対象事業年度終了の日において当該通算法人との間に通算完全支配関係がある他の通算法人（以下この号及び第10項において「他の繰越通算法人」という。）の同日に終了する事業年度（第10項において「他の繰越適用対象事業年度」という。）の試験研究費の額の合計額が当該通算法人及び他の繰越通算法人の比較試験研究費の額を合計した金額を超える場合とする。 十三前号の通算法人の繰越適用対象事業年度における前項の繰越税額控除限度超過額は、イに掲げる金額（既に同項の規定により当該繰越適用対象事業年度前の各事業年度において調整前法人税額から控除された金額がある場合には、当該金額を控除した残額）とロに掲げる金額との合計額とする。 十四前号の場合において、同号の通算法人の超過額発生事業年度の通算繰越控除限度超過額が当初申告通算繰越控除限度超過額（当該超過額発生事業年度の確定申告書等に添付された書類に当該超過額発生事業年度の通算繰越控除限度超過額として記載された金額をいう。）以上であるとき（当該超過額発生事業年度の同号イに掲げる金額（以下この項及び第10項において「通算繰越控除限度超過帰属額」という。）が当初申告通算繰越控除限度超過帰属額（当該確定申告書等に添付された書類に当該超過額発生事業年度の通算繰越控除限度超過帰属額として記載された金額をいう。以下この号において同じ。）と異なる場合に限る。）は、当初申告通算繰越控除限度超過帰属額を当該超過額発生事業年度の通算繰越控除限度超過帰属額とみなす。 十五第13号の場合において、同号の通算法人の超過額発生事業年度の通算繰越控除限度超過額が当初申告通算繰越控除限度超過額（当該超過額発生事業年度の確定申告書等に添付された書類に当該超過額発生事業年度の通算繰越控除限度超過額として記載された金額をいう。）に満たないとき（その満たない部分の金額が当初申告通算繰越控除限度超過帰属額（当該確定申告書等に添付された書類に当該超過額発生事業年度の通算繰越控除限度超過帰属額として記載された金額をいう。以下この号において同じ。）以下である場合に限る。）は、当初申告通算繰越控除限度超過帰属額からその満たない部分の金額を控除した金額を当該超過額発生事業年度の通算繰越控除限度超過帰属額とみなす。 十六第13号の場合において、同号の通算法人の超過額発生事業年度の当初申告通算繰越控除限度超過額（当該超過額発生事業年度の確定申告書等に添付された書類に当該超過額発生事業年度の通算繰越控除限度超過額として記載された金額をいう。）（前号の規定により当該超過額発生事業年度又は当該超過額発生事業年度終了の日において当該通算法人との間に通算完全支配関係がある他の通算法人の同日に終了する事業年度（以下この号において「超過額発生事業年度等」という。）の通算繰越控除限度超過帰属額とみなされる金額がある場合には、前号の満たない部分の金額の合計額を控除した金額）が、第4号から第6号まで及び前二号の規定を適用しないものとして計算した場合における当該超過額発生事業年度の通算繰越控除限度超過額を超えるときは、第13号の規定の適用に係る通算繰越控除限度超過帰属額の計算については、第4号から第6号まで及び前二号の規定は、適用しない。この場合において、超過額発生事業年度等についてこの号の規定を適用して修正申告書の提出又は国税通則法第24条若しくは第26条の規定による更正がされた後における第13号の規定の適用に係る通算繰越控除限度超過帰属額の計算に係る前二号の規定の適用については、当該修正申告書又は当該更正に係る同法第28条第2項に規定する更正通知書に添付された書類に記載された金額を確定申告書等に添付された書類に記載された金額とみなす。 十七第12号の通算法人の繰越適用対象事業年度の前項に規定する百分の二十五に相当する金額は、通算繰越控除上限額（イに掲げる金額からロに掲げる金額を控除した残額をいう。）とする。

９ 他の通算法人の他の事業年度の試験研究費の額又は他の通算法人の他の事業年度の所得に対する調整前法人税額がある場合における前項の通算法人の適用対象事業年度に係る第1項又は第4項の規定は、第21項の規定にかかわらず、これらの他の通算法人の全てにつき、それぞれ他の事業年度の確定申告書等に税額控除可能額及び税額控除可能分配額並びにこれらの金額の計算に関する明細を記載した書類の添付がある場合で、かつ、当該通算法人の適用対象事業年度の確定申告書等に同項に規定する書類並びに税額控除可能額及び税額控除可能分配額並びにこれらの金額の計算に関する明細を記載した書類の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、第1項又は第4項の規定により控除される金額の計算の基礎となる控除対象試験研究費の額は、当該適用対象事業年度の確定申告書等に添付された書類に記載された控除対象試験研究費の額を限度とする。

１０ 第8項の通算法人の繰越適用対象事業年度又は他の繰越通算法人の他の繰越適用対象事業年度の通算繰越控除限度超過帰属額がある場合における当該通算法人の繰越適用対象事業年度に係る第7項の規定は、第22項の規定にかかわらず、当該通算法人及び当該他の繰越通算法人の全てにつき、それぞれ当該通算繰越控除限度超過帰属額が生じた事業年度以後の各事業年度の法人税法第2条第31号に規定する確定申告書に通算繰越控除限度超過帰属額の明細書の添付がある場合で、かつ、当該通算法人の繰越適用対象事業年度の確定申告書等に同項に規定する書類並びに通算繰越控除限度超過額及び通算繰越控除限度超過帰属額並びにこれらの金額の計算に関する明細を記載した書類の添付がある場合に限り、適用する。

１１ 第8項の通算法人（当該通算法人であつた法人を含む。）は、当該通算法人の適用対象事業年度後において、当該適用対象事業年度の確定申告書等に添付された書類及び当該確定申告書等に当該適用対象事業年度若しくは当該適用対象事業年度前の各事業年度の試験研究費の額、当該適用対象事業年度の控除対象試験研究費の額若しくは所得に対する調整前法人税額又は当該適用対象事業年度において生じた欠損金額として記載された金額と当該適用対象事業年度若しくは当該各事業年度の試験研究費の額、当該適用対象事業年度の控除対象試験研究費の額若しくは所得に対する調整前法人税額又は当該適用対象事業年度において生じた欠損金額とが異なることとなつた場合（同項第8号又は第9号の規定の適用がある場合には、当該確定申告書等に添付された書類に当該通算法人の平均売上金額として記載された金額と当該通算法人の平均売上金額とが異なることとなつた場合を含む。）には、他の通算法人に対し、その異なることとなつたこれらの金額を通知しなければならない。

１２ 通算法人（通算法人であつた法人を含む。以下この項において「通算法人等」という。）が第1項又は第4項の規定の適用を受けるこれらの規定に規定する事業年度（第8項第1号の規定の適用がある通算子法人にあつては、同号の規定により読み替えて適用される第1項又は第4項に規定する事業年度。以下この項及び次項において「対象事業年度」という。）において、当該通算法人等又は当該対象事業年度終了の日において当該通算法人等との間に通算完全支配関係がある他の通算法人（以下この項において「他の通算法人」という。）の過去適用等事業年度（当該通算法人等の対象事業年度終了の日前に終了した当該通算法人等又は他の通算法人の各事業年度で当該各事業年度又は当該各事業年度終了の日において当該通算法人等若しくは他の通算法人との間に通算完全支配関係がある通算法人の同日に終了する事業年度が第1項又は第4項の規定の適用を受けた事業年度（通算子法人にあつては、その事業年度終了の日において当該通算法人等又は他の通算法人との間に通算完全支配関係がある通算親法人のこれらの規定に規定する事業年度終了の日に終了するものに限る。）である場合の当該各事業年度をいう。以下この項及び次項において同じ。）における欠損金増加合計額（当該過去適用等事業年度において生じた非特定欠損金額が当該過去適用等事業年度の確定申告書等に添付された書類に当該過去適用等事業年度において生じた非特定欠損金額として記載された金額（以下この項において「当初非特定欠損金額」という。）を超える場合（国税通則法第25条の規定による決定を受けた場合を除くものとし、当該過去適用等事業年度の期限後確定申告書に添付された書類に通算前欠損金額として記載された金額がある場合を含む。）における非特定欠損金額が当初非特定欠損金額を超えることとなつた当該通算法人等及び他の通算法人のそれぞれその超える部分の金額（当該通算前欠損金額として記載された金額がある場合には、その記載された金額を含む。以下この項及び次項において「各欠損金増加額」という。）の合計額（既に当該通算法人等の当該対象事業年度終了の日前に終了した当該通算法人等又は他の通算法人の各事業年度において当該過去適用等事業年度に係る各欠損金増加額につきこの項の規定の適用がある場合には、当該各欠損金増加額のうち次の各号に定めるところにより加算された金額の計算の基礎となつた金額を除く。）をいう。以下この項において同じ。）がある場合には、当該通算法人等の当該対象事業年度における次の各号に掲げる区分に応じ当該各号に定めるところによる。 一第8項第3号の通算法人　当該対象事業年度の同号に規定する税額控除可能額又は同項第17号に規定する通算繰越控除上限額の計算については、同項第3号ロに掲げる金額又は同項第17号イに掲げる金額に、欠損金増加合計額（同号に規定する通算繰越控除上限額の計算にあつては、当該欠損金増加合計額のうち当該通算法人等に帰せられる各欠損金増加額として政令で定めるところにより計算した金額）を当該通算法人等の当該対象事業年度の所得の金額とみなして当該所得の金額につき法人税法第66条の規定並びに第67条の2及び第68条の規定を適用した場合にこれらの規定により計算される法人税の額として政令で定める金額の百分の二十五に相当する金額（次に掲げる場合に該当する場合には、それぞれ次に定める金額を加算した金額）を加算する。 二前号に掲げる法人以外の法人　当該対象事業年度の第1項の控除上限額又は第4項若しくは第7項の中小企業者等控除上限額の計算については、当該対象事業年度の所得に対する調整前法人税額に、欠損金増加合計額のうち当該通算法人等に係る各欠損金増加額を当該通算法人等の当該対象事業年度の所得の金額とみなして当該所得の金額につき法人税法第66条の規定並びに第67条の2及び第68条の規定を適用するものとした場合に計算される法人税の額に相当する金額を加算する。

１３ 前項の規定を適用する場合において、同項に規定する通算法人等の対象事業年度における過去適用等事業年度に係る各欠損金増加額が既確定各欠損金増加額（当該対象事業年度終了の日以前に提出された当該過去適用等事業年度の確定申告書等若しくは修正申告書に添付された書類又は同日以前にされた国税通則法第24条若しくは第26条の規定による更正に係る同法第28条第2項に規定する更正通知書に添付された書類のうち、最も新しいものに当該過去適用等事業年度に係る各欠損金増加額として記載された金額をいう。以下この項において同じ。）と異なるときは、既確定各欠損金増加額を当該過去適用等事業年度に係る各欠損金増加額とみなす。

１４ 青色申告書を提出する内国法人の各事業年度（以下この項において「各対象事業年度」という。）終了の時において、当該内国法人又は他の内国法人（当該内国法人の第1項又は第4項の規定の適用を受けた事業年度（当該内国法人に係る通算親法人のこれらの規定に規定する事業年度終了の日に終了するものに限る。以下この項において「過去適用事業年度」という。）終了の日において当該内国法人との間に通算完全支配関係がある他の内国法人に限る。以下この項において「他の適用内国法人」という。）の過去適用事業年度又は同日に終了する事業年度（以下この項において「過去適用事業年度等」という。）における第1項又は第4項の規定の適用について第8項第6号又は第7号の規定の適用があつた場合において、調整税額控除可能額（当該過去適用事業年度における同項第3号イに掲げる金額と当該過去適用事業年度における同号ロに掲げる金額から当該内国法人又は他の適用内国法人の当該過去適用事業年度等に係る同項第7号の規定により法人税の額に加算することとされた同号に規定する相当する金額を控除した金額とのうちいずれか少ない金額をいう。次項及び第16項において同じ。）と既取戻税額控除超過額（当該内国法人又は他の適用内国法人の当該過去適用事業年度等に係る第8項第6号の規定の適用がある場合における同号イに規定する税額控除超過額及び同項第7号の規定により法人税の額に加算することとされた同号に規定する相当する金額の合計額をいう。以下第16項までにおいて同じ。）との合計額（既に当該内国法人の当該各対象事業年度開始の日前に開始した各事業年度において当該過去適用事業年度等に係る既取戻税額控除超過額につきこの項の規定の適用がある場合には、当該各事業年度においてこの項の規定により控除することとされた金額の計算の基礎となつたこの項に規定する控除した金額の合計額を除く。以下この項において「調整対象金額」という。）が当初申告税額控除可能額（当該内国法人の過去適用事業年度の確定申告書等に添付された書類に当該過去適用事業年度における第8項第3号に規定する税額控除可能額として記載された金額をいう。以下この項において同じ。）を超えるときは、当該内国法人の当該各対象事業年度の所得に対する調整前法人税額（次条第2項又は第42条の5第3項第2号において準用するこの項の規定により当該調整前法人税額から控除される金額を除く。）から、当該調整対象金額から当初申告税額控除可能額を控除した金額（当該金額が既取戻税額控除超過額を超える場合には、当該既取戻税額控除超過額）に当該内国法人の当該過去適用事業年度に係る控除分配割合を乗じて計算した金額に相当する金額を控除する。

１５ 前項の規定を適用する場合において、同項の内国法人の同項の各対象事業年度に係る調整対象基礎額（調整税額控除可能額と既取戻税額控除超過額との合計額をいう。以下この項において同じ。）又は控除分配割合が当初申告調整対象基礎額又は当初申告控除分配割合（それぞれ当該各対象事業年度の確定申告書等に添付された書類に当該各対象事業年度に係る調整対象基礎額として記載された金額又は当該確定申告書等に添付された書類に当該各対象事業年度に係る控除分配割合として記載された割合をいう。以下この項において同じ。）と異なるときは、当初申告調整対象基礎額又は当初申告控除分配割合を前項の当該各対象事業年度に係る調整対象基礎額又は控除分配割合とみなす。

１６ 第14項の規定は、同項の各対象事業年度の確定申告書等に同項の規定による控除を受ける金額の計算の基礎となる調整税額控除可能額及び既取戻税額控除超過額並びに控除を受ける金額並びにこれらの金額の計算に関する明細を記載した書類の添付がある場合に限り、適用する。

１７ 第8項の通算法人の適用対象事業年度において、法人税法第64条の5第8項の規定の適用がある場合には、第8項第4号から第7号まで及び第14号から第16号までの規定は、当該適用対象事業年度及び当該適用対象事業年度を同項第13号イに規定する超過額発生事業年度とする同項第12号に規定する繰越適用対象事業年度については、適用しない。この場合において、当該適用対象事業年度を第12項に規定する過去適用等事業年度とする同項に規定する通算法人等の同項に規定する対象事業年度又は当該適用対象事業年度を第14項に規定する過去適用事業年度とする同項の内国法人の同項の各対象事業年度については、これらの規定は、適用がないものとする。

１８ 第12項の通算法人の同項に規定する対象事業年度又は第14項の内国法人の同項の各対象事業年度において、法人税法第64条の5第8項の規定の適用がある場合には、第13項又は第15項の規定は、当該対象事業年度又は当該各対象事業年度については、適用しない。

１９ この条及び次条において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。 一試験研究費の額　次に掲げる金額の合計額（当該金額に係る費用に充てるため他の者（当該法人が外国法人である場合の法人税法第138条第1項第1号に規定する本店等を含む。第14号において同じ。）から支払を受ける金額がある場合には当該金額を控除した金額とし、当該法人が内国法人である場合の当該法人の同法第69条第4項第1号に規定する国外事業所等を通じて行う事業に係る費用の額を除く。）をいう。 二調整前法人税額　次に掲げる規定を適用しないで計算した場合の法人税の額（国税通則法第2条第4号に規定する附帯税の額を除く。）をいう。 二の二控除対象試験研究費の額　試験研究費の額のうち次に掲げる金額の合計額をいう。 三増減試験研究費割合　増減試験研究費の額（第1項又は第4項に規定する事業年度（以下この項において「適用年度」という。）の試験研究費の額から比較試験研究費の額を減算した金額をいう。）の当該比較試験研究費の額に対する割合をいう。 四設立事業年度　設立の日（次に掲げる法人については、それぞれ次に定める日）を含む事業年度（合併法人の合併の日を含む事業年度その他の政令で定める事業年度を除く。）をいう。 五比較試験研究費の額　対象事業年度（第1項、第4項又は第7項に規定する事業年度（第8項第3号の通算法人の適用対象事業年度にあつては、当該通算法人に係る通算親法人の第1項、第4項又は第7項に規定する事業年度）をいう。以下この号において同じ。）開始の日の三年前の日から対象事業年度開始の日の前日までの期間内に開始した各事業年度の試験研究費の額（当該各事業年度の月数と当該対象事業年度の月数とが異なる場合には、当該試験研究費の額に当該対象事業年度の月数を乗じてこれを当該各事業年度の月数で除して計算した金額）の合計額を当該期間内に開始した各事業年度の数で除して計算した金額（第8項第3号の通算法人の適用対象事業年度開始の日が当該通算法人の設立の日である場合のうち政令で定める場合には、零）をいう。 六試験研究費割合　適用年度の試験研究費の額の平均売上金額に対する割合をいう。 七中小企業者　中小企業者に該当する法人として政令で定めるものをいう。 八適用除外事業者　当該事業年度開始の日前三年以内に終了した各事業年度（以下この号において「基準年度」という。）の所得の金額の合計額を各基準年度の月数の合計数で除し、これに十二を乗じて計算した金額（設立後三年を経過していないこと、既に基準年度の所得に対する法人税の額につき法人税法第80条の規定の適用があつたこと、基準年度において合併、分割又は現物出資が行われたこと、基準年度において通算法人に該当することその他の政令で定める事由がある場合には、当該計算した金額につき当該事由の内容に応じ調整を加えた金額として政令で定めるところにより計算した金額）が十五億円を超える法人をいう。 八の二通算適用除外事業者　通算法人である法人の各事業年度終了の日において当該通算法人である法人との間に通算完全支配関係がある他の通算法人のうちいずれかの法人が適用除外事業者（当該通算法人である法人に係る通算親法人の同日を含む事業年度開始の日以後に当該通算親法人との間に通算完全支配関係を有することとなつた適用除外事業者として政令で定めるものを除く。）に該当する場合における当該通算法人である法人をいう。 九農業協同組合等　農業協同組合、農業協同組合連合会、中小企業等協同組合、出資組合である商工組合及び商工組合連合会、内航海運組合、内航海運組合連合会、出資組合である生活衛生同業組合、漁業協同組合、漁業協同組合連合会、水産加工業協同組合、水産加工業協同組合連合会、森林組合並びに森林組合連合会をいう。 十繰越税額控除限度超過額　法人の当該事業年度開始の日前三年以内に開始した各事業年度（当該事業年度まで連続して青色申告書の提出をしている場合の各事業年度に限る。）における第4項に規定する中小企業者等税額控除限度額のうち、同項の規定による控除をしてもなお控除しきれない金額（既に第7項の規定により当該各事業年度において調整前法人税額から控除された金額がある場合には、当該金額を控除した残額）の合計額をいう。 十一合算増減試験研究費割合　第8項第3号の通算法人の適用対象事業年度及び同号イの他の通算法人の他の事業年度の試験研究費の額の合計額から比較試験研究費合計額（当該通算法人及び他の通算法人の比較試験研究費の額を合計した金額をいう。以下この号において同じ。）を減算した金額の当該比較試験研究費合計額に対する割合をいう。 十二合算試験研究費割合　第8項第3号の通算法人の適用対象事業年度及び同号イの他の通算法人の他の事業年度の試験研究費の額の合計額の当該通算法人及び他の通算法人の平均売上金額の合計額に対する割合をいう。 十三平均売上金額　適用年度及び当該適用年度（第8項第3号の通算法人の適用対象事業年度にあつては、当該通算法人に係る通算親法人の適用年度）開始の日の三年前の日から適用年度開始の日の前日までの期間内に開始した各事業年度の売上金額（棚卸資産の販売による収益の額その他の政令で定める金額をいう。）の平均額として政令で定めるところにより計算した金額をいう。 十四国外委託試験研究　他の者に委託する試験研究のうち国外において行われる試験研究として政令で定めるものをいう。

２０ 前項の月数は、暦に従つて計算し、一月に満たない端数を生じたときは、これを一月とする。

２１ 第1項及び第4項の規定は、確定申告書等（これらの規定により控除を受ける金額を増加させる修正申告書又は更正請求書を提出する場合には、当該修正申告書又は更正請求書を含む。）にこれらの規定による控除の対象となる控除対象試験研究費の額、試験研究費の額、控除を受ける金額及び当該金額の計算に関する明細を記載した書類の添付がある場合に限り、適用する。この場合において、これらの規定により控除される金額の計算の基礎となる控除対象試験研究費の額は、確定申告書等に添付された書類に記載された控除対象試験研究費の額を限度とする。

２２ 第7項の規定は、第4項の規定の適用を受けた事業年度以後の各事業年度の法人税法第2条第31号に規定する確定申告書に繰越税額控除限度超過額の明細書の添付がある場合で、かつ、第7項の規定の適用を受けようとする事業年度の確定申告書等（同項の規定により控除を受ける金額を増加させる修正申告書又は更正請求書を提出する場合には、当該修正申告書又は更正請求書を含む。）に同項の規定による控除の対象となる繰越税額控除限度超過額、控除を受ける金額及び当該金額の計算に関する明細を記載した書類の添付がある場合に限り、適用する。

２３ 第1項、第4項、第7項又は第14項の規定の適用がある場合には、法人税法第二編第一章第二節第二款又は第三編第二章第二節（第143条を除く。）の規定（以下この項において「法人税法税額控除規定」という。）による法人税の額からの控除及び特別税額控除規定（第1項、第4項、第7項及び第14項の規定をいう。以下この項及び次項において同じ。）による法人税の額からの控除については、まず特別税額控除規定による控除をした後において、同法第70条の2又は第144条の2の3に定める順序により法人税法税額控除規定による控除をするものとする。

２４ 第1項、第4項、第7項又は第14項の規定の適用がある場合における法人税法第二編第一章（第二節第二款を除く。）及び第三編第二章（第二節を除く。）の規定の適用については、次に定めるところによる。 一法人税法第67条第3項に規定する法人税の額は、当該法人税の額から特別税額控除規定により控除する金額を控除した金額とする。 二法人税法第72条第1項第2号に掲げる金額は、同項に規定する期間（通算子法人にあつては、同条第5項第1号に規定する期間）を一事業年度とみなして同条第1項第1号に掲げる所得の金額につき同法第二編第一章第二節（第67条、第68条第3項及び第70条を除く。）の規定及び特別税額控除規定を適用するものとした場合に計算される法人税の額とする。 三法人税法第74条第1項第2号に掲げる金額は、同項第1号に掲げる所得の金額につき同法第二編第一章第二節の規定及び特別税額控除規定を適用して計算した法人税の額とする。 四法人税法第144条の4第1項第3号若しくは第4号又は第2項第2号に掲げる金額は、同条第1項又は第2項に規定する期間を一事業年度とみなして同条第1項第1号若しくは第2号又は第2項第1号に掲げる国内源泉所得に係る所得の金額につき同法第三編第二章第二節（第144条（同法第68条第3項の規定を準用する部分に限る。）を除く。）の規定及び特別税額控除規定を適用するものとした場合に計算される法人税の額とする。 五法人税法第144条の6第1項第3号若しくは第4号又は第2項第2号に掲げる金額は、同条第1項第1号若しくは第2号又は第2項第1号に掲げる国内源泉所得に係る所得の金額につき同法第三編第二章第二節の規定及び特別税額控除規定を適用して計算した法人税の額とする。

２５ 第8項第6号ロ又は第7号の規定の適用がある場合における法人税法第67条及び第69条の規定の適用については、同法第67条第1項中「前条第1項、第2項及び第6項並びに第69条第19項（外国税額の控除）（同条第23項において準用する場合を含む。第3項において同じ。）」とあるのは「租税特別措置法第42条の4第8項第6号ロ及び第7号（試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除）」と、同条第3項中「前条第1項、第2項及び第6項並びに第69条第19項」とあるのは「租税特別措置法第42条の4第8項第6号ロ及び第7号」と、同法第69条第19項中「第66条第1項から第3項まで及び第6項」とあるのは「租税特別措置法第42条の4第8項第6号ロ及び第7号（試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除）」とする。

２６ 第8項第6号ロ又は第7号の規定の適用がある場合における法人税法第二編第一章（第二節を除く。）の規定の適用については、同法第74条第1項第2号に掲げる金額は、同項第1号に掲げる所得の金額につき同節の規定並びに第8項第6号ロ及び第7号の規定を適用して計算した法人税の額とする。

２７ 第19項から前項までに定めるもののほか、第1項、第4項又は第7項の規定の適用を受けようとする法人が合併法人、分割法人若しくは分割承継法人、現物出資法人若しくは被現物出資法人又は現物分配法人若しくは被現物分配法人である場合における比較試験研究費の額の計算、第8項第6号ロ又は第7号の規定の適用がある場合における法人税法第二編第一章第三節の規定による申告又は還付の特例その他同法及び地方法人税法の規定の適用に関する事項その他第1項から第18項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。