租税特別措置法 第40条の3の3

第40条の3の3 （非居住者の内部取引に係る課税の特例）

恒久的施設を有する非居住者の平成二十九年以後の各年において、当該非居住者の事業場等（所得税法第161条第1項第1号に規定する事業場等をいう。第5項及び第26項において同じ。）と恒久的施設との間の同号に規定する内部取引（以下この条において「内部取引」という。）の対価の額とした額（第22項及び第23項において「内部取引価格」という。）が独立企業間価格と異なることにより、当該非居住者の各年分の同法第164条第1項第1号イに掲げる国内源泉所得につき同法第165条第1項の規定により準じて計算した同法第2条第1項第22号に規定する各種所得の金額の計算上、収入金額とすべき金額若しくは総収入金額に算入すべき金額が過少となるとき、又は必要経費に算入すべき金額若しくは支出した金額に算入すべき金額が過大となるときは、当該非居住者のその年分の同法第164条第1項第1号イに掲げる国内源泉所得に係る所得に係る同法その他所得税に関する法令の規定の適用については、当該内部取引は、独立企業間価格によるものとする。

２ 前項に規定する独立企業間価格とは、内部取引が次の各号に掲げる取引のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める方法のうち、当該内部取引の内容及び当該内部取引の当事者が果たす機能その他の事情を勘案して、当該内部取引が独立の事業者の間で通常の取引の条件に従つて行われるとした場合に当該内部取引の対価の額とされるべき額を算定するための最も適切な方法により算定した金額をいう。 一棚卸資産（所得税法第2条第1項第16号に規定する棚卸資産をいう。以下この号において同じ。）の販売又は購入　次に掲げる方法 二前号に掲げる取引以外の取引　同号イからニまでに掲げる方法と同等の方法

３ その年において内部取引がある非居住者は、当該内部取引に係る第1項に規定する独立企業間価格を算定するために必要と認められる書類として財務省令で定める書類（その作成に代えて電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他の人の知覚によつては認識することができない方式で作られる記録であつて、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。以下この条において同じ。）の作成がされている場合における当該電磁的記録を含む。）を、その年分の所得税に係る確定申告期限までに作成し、又は取得し、財務省令で定めるところにより保存しなければならない。

４ 非居住者のその年の前年の内部取引（当該非居住者がその年において恒久的施設を有することとなつた場合には、その年の内部取引）が次のいずれにも該当する場合又はその年の前年の内部取引がない場合として政令で定める場合には、当該非居住者のその年の内部取引に係る第1項に規定する独立企業間価格を算定するために必要と認められる書類については、前項の規定は、適用しない。 一内部取引の対価の額とした額の合計額が五十億円未満であること。 二内部取引（無形資産（有形資産及び金融資産以外の資産として政令で定めるものをいう。以下この号及び次項において同じ。）の譲渡若しくは貸付け（無形資産に係る権利の設定その他他の者に無形資産を使用させる一切の行為を含む。）又はこれらに類似する取引に相当するものに限る。）の対価の額とした額の合計額が三億円未満であること。

５ 恒久的施設を有する非居住者の各年における当該非居住者の事業場等と恒久的施設との間の特定無形資産内部取引（内部取引のうち、特定無形資産（内部取引の時において評価することが困難な無形資産として政令で定めるものをいう。以下この項において同じ。）の譲渡若しくは貸付け（特定無形資産に係る権利の設定その他他の者に特定無形資産を使用させる一切の行為を含む。）又はこれらに類似する取引に相当するものをいう。以下この項において同じ。）について、当該特定無形資産内部取引の対価の額とした額を算定するための前提となつた事項（当該特定無形資産内部取引の時に当該非居住者が予測したものに限る。）についてその内容と相違する事実が判明した場合には、税務署長は、第2項各号に掲げる取引のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める方法のうち、当該特定無形資産内部取引の内容及び当該特定無形資産内部取引の当事者が果たす機能その他の事情（当該相違する事実及びその相違することとなつた事由の発生の可能性（当該特定無形資産内部取引の時における客観的な事実に基づいて計算されたものであることその他の政令で定める要件を満たすものに限る。）を含む。）を勘案して、当該特定無形資産内部取引が独立の事業者の間で通常の取引の条件に従つて行われるとした場合に当該特定無形資産内部取引の対価の額とされるべき額を算定するための最も適切な方法により算定した金額を第1項に規定する独立企業間価格とみなして、当該非居住者のその年分の所得税法第164条第1項第1号イに掲げる国内源泉所得につき同法第165条第1項の規定により同法第22条の規定に準じて計算した金額又は同法第2条第1項第25号に規定する純損失の金額につき同項第43号に規定する更正（以下この条において「更正」という。）又は同項第44号に規定する決定（第9項、第11項及び第22項において「決定」という。）をすることができる。ただし、当該特定無形資産内部取引の対価の額とした額とこの項本文の規定を適用したならば第1項に規定する独立企業間価格とみなされる金額とが著しく相違しない場合として政令で定める場合に該当するときは、この限りでない。

６ 前項本文の規定は、非居住者が同項の特定無形資産内部取引に係る次に掲げる事項の全てを記載した書類（その作成に代えて電磁的記録の作成がされている場合における当該電磁的記録を含む。）を作成し、又は取得している場合には、適用しない。 一当該特定無形資産内部取引の対価の額とした額を算定するための前提となつた事項（当該特定無形資産内部取引の時に当該非居住者が予測したものに限る。次号において同じ。）の内容として財務省令で定める事項 二当該特定無形資産内部取引の対価の額とした額を算定するための前提となつた事項についてその内容と相違する事実が判明した場合におけるその相違することとなつた事由（以下この号において「相違事由」という。）が災害その他これに類するものであるために当該特定無形資産内部取引の時に当該非居住者がその発生を予測することが困難であつたこと、又は当該相違事由の発生の可能性（当該特定無形資産内部取引の時における客観的な事実に基づいて計算されたものであることその他の政令で定める要件を満たすものに限る。）を勘案して当該非居住者が当該特定無形資産内部取引の対価の額とした額を算定していたこと。

７ 第5項本文の規定は、非居住者に係る同項の特定無形資産内部取引に係る判定期間（当該非居住者と特殊の関係にない者から受ける同項の特定無形資産の使用その他の行為による収入が最初に生じた日（その日が当該特定無形資産内部取引が行われた日前である場合には、当該特定無形資産内部取引が行われた日）の属する年の一月一日から五年を経過する日までの期間をいう。以下この項において同じ。）に当該特定無形資産の使用その他の行為により生ずることが予測された利益の額と当該判定期間に当該特定無形資産の使用その他の行為により生じた利益の額とが著しく相違しない場合として政令で定める場合に該当するときは、当該判定期間を経過する日後において、当該特定無形資産内部取引については、適用しない。

８ 国税庁の当該職員又は非居住者の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員が非居住者に前二項の規定の適用があることを明らかにする書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この項において同じ。）又はその写しの提示又は提出を求めた場合において、その提示又は提出を求めた日から六十日（その求めた書類又はその写しが同時文書化対象内部取引（第4項の規定の適用がある内部取引以外の内部取引をいう。次項及び第13項において同じ。）に係る第3項に規定する財務省令で定める書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。次項及び第13項において同じ。）又はその写しに該当する場合には、その提示又は提出を求めた日から四十五日）を超えない範囲内においてその求めた書類又はその写しの提示又は提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示又は提出がなかつたときは、前二項の規定の適用はないものとする。

９ 国税庁の当該職員又は非居住者の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員が、非居住者に同時文書化対象内部取引に係る第3項に規定する財務省令で定める書類若しくはその写しの提示若しくは提出を求めた場合においてその提示若しくは提出を求めた日から四十五日を超えない範囲内においてその求めた書類若しくはその写しの提示若しくは提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示若しくは提出がなかつたとき、又は非居住者に同時文書化対象内部取引に係る第1項に規定する独立企業間価格（第5項本文の規定により当該独立企業間価格とみなされる金額を含む。）を算定するために重要と認められる書類として財務省令で定める書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この項及び第13項において同じ。）若しくはその写しの提示若しくは提出を求めた場合においてその提示若しくは提出を求めた日から六十日を超えない範囲内においてその求めた書類若しくはその写しの提示若しくは提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示若しくは提出がなかつたときは、税務署長は、次の各号に掲げる方法（第2号に掲げる方法は、第1号に掲げる方法を用いることができない場合に限り、用いることができる。）により算定した金額を第1項に規定する独立企業間価格と推定して、当該非居住者のその年分の所得税法第164条第1項第1号イに掲げる国内源泉所得につき同法第165条第1項の規定により同法第22条の規定に準じて計算した金額又は同法第2条第1項第25号に規定する純損失の金額につき更正又は決定をすることができる。ただし、その年分において、当該同時文書化対象内部取引につき第5項又は第6項の規定の適用がある場合は、この限りでない。 一当該非居住者の当該内部取引に係る事業と同種の事業を営む個人で事業規模その他の事業の内容が類似するものの当該事業に係る売上総利益率又はこれに準ずる割合として政令で定める割合を基礎とした第2項第1号ロ若しくはハに掲げる方法又は同項第2号に定める方法（同項第1号ロ又はハに掲げる方法と同等の方法に限る。） 二第2項第1号ニに規定する政令で定める方法又は同項第2号に定める方法（当該政令で定める方法と同等の方法に限る。）に類するものとして政令で定める方法

１０ 前項本文の規定は、同項の同時文書化対象内部取引につき第7項の規定の適用がある場合には、同項に規定する経過する日後は、適用しない。

１１ 国税庁の当該職員又は非居住者の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員が、非居住者に同時文書化免除内部取引（第4項の規定の適用がある内部取引をいう。以下この項及び第14項において同じ。）に係る第1項に規定する独立企業間価格（第5項本文の規定により当該独立企業間価格とみなされる金額を含む。）を算定するために重要と認められる書類として財務省令で定める書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この項及び第14項において同じ。）又はその写しの提示又は提出を求めた場合において、その提示又は提出を求めた日から六十日を超えない範囲内においてその求めた書類又はその写しの提示又は提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示又は提出がなかつたときは、税務署長は、第9項各号に掲げる方法（同項第2号に掲げる方法は、同項第1号に掲げる方法を用いることができない場合に限り、用いることができる。）により算定した金額を第1項に規定する独立企業間価格と推定して、当該非居住者のその年分の所得税法第164条第1項第1号イに掲げる国内源泉所得につき同法第165条第1項の規定により同法第22条の規定に準じて計算した金額又は同法第2条第1項第25号に規定する純損失の金額につき更正又は決定をすることができる。ただし、その年分において、当該同時文書化免除内部取引につき第5項又は第6項の規定の適用がある場合は、この限りでない。

１２ 前項本文の規定は、同項の同時文書化免除内部取引につき第7項の規定の適用がある場合には、同項に規定する経過する日後は、適用しない。

１３ 国税庁の当該職員又は非居住者の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、非居住者に同時文書化対象内部取引に係る第3項に規定する財務省令で定める書類若しくはその写しの提示若しくは提出を求めた場合においてその提示若しくは提出を求めた日から四十五日を超えない範囲内においてその求めた書類若しくはその写しの提示若しくは提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示若しくは提出がなかつたとき、又は非居住者に同時文書化対象内部取引に係る第9項に規定する独立企業間価格を算定するために重要と認められる書類として財務省令で定める書類若しくはその写しの提示若しくは提出を求めた場合においてその提示若しくは提出を求めた日から六十日を超えない範囲内においてその求めた書類若しくはその写しの提示若しくは提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示若しくは提出がなかつたときに、当該非居住者の同時文書化対象内部取引に係る第1項に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるときは、その必要と認められる範囲内において、当該非居住者の当該同時文書化対象内部取引に係る事業と同種の事業を営む者に質問し、当該事業に関する帳簿書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この条において同じ。）を検査し、又は当該帳簿書類（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求めることができる。

１４ 国税庁の当該職員又は非居住者の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、非居住者に同時文書化免除内部取引に係る第11項に規定する財務省令で定める書類又はその写しの提示又は提出を求めた場合において、その提示又は提出を求めた日から六十日を超えない範囲内においてその求めた書類又はその写しの提示又は提出の準備に通常要する日数を勘案して当該職員が指定する日までにこれらの提示又は提出がなかつたときに、当該非居住者の同時文書化免除内部取引に係る第1項に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるときは、その必要と認められる範囲内において、当該非居住者の当該同時文書化免除内部取引に係る事業と同種の事業を営む者に質問し、当該事業に関する帳簿書類を検査し、又は当該帳簿書類（その写しを含む。）の提示若しくは提出を求めることができる。

１５ 国税庁の当該職員又は非居住者の納税地の所轄税務署若しくは所轄国税局の当該職員は、非居住者の内部取引に係る第1項に規定する独立企業間価格を算定するために必要があるときは、前二項の規定に基づき提出された帳簿書類（その写しを含む。）を留め置くことができる。

１６ 前三項の規定による当該職員の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。

１７ 国税庁、国税局又は税務署の当該職員は、第13項又は第14項の規定による質問、検査又は提示若しくは提出の要求をする場合には、その身分を示す証明書を携帯し、関係人の請求があつたときは、これを提示しなければならない。

１８ 次の各号のいずれかに該当する場合には、その違反行為をした者は、三十万円以下の罰金に処する。 一第13項若しくは第14項の規定による当該職員の質問に対して答弁せず、若しくは偽りの答弁をし、又はこれらの規定による検査を拒み、妨げ、若しくは忌避したとき。 二第13項又は第14項の規定による帳簿書類の提示又は提出の要求に対し、正当な理由がなくこれに応じず、又は偽りの記載若しくは記録をした帳簿書類（その写しを含む。）を提示し、若しくは提出したとき。

１９ 法人（人格のない社団等（法人税法第2条第8号に規定する人格のない社団等をいう。以下この項及び次項において同じ。）を含む。以下この項において同じ。）の代表者（人格のない社団等の管理人を含む。）又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関して前項の違反行為をしたときは、その行為者を罰するほか、その法人又は人に対して同項の刑を科する。

２０ 人格のない社団等について前項の規定の適用がある場合には、その代表者又は管理人がその訴訟行為につきその人格のない社団等を代表するほか、法人を被告人又は被疑者とする場合の刑事訴訟に関する法律の規定を準用する。

２１ 非居住者の内部取引につき第1項の規定の適用があつた場合において、同項の規定の適用に関し国税通則法第23条第1項第1号又は第3号に掲げる事由が生じたときの同項（第2号を除く。）の規定の適用については、同項中「五年」とあるのは、「七年」とする。

２２ 更正若しくは決定（以下この項において「更正決定」という。）又は国税通則法第32条第5項に規定する賦課決定（以下この条において「賦課決定」という。）で次の各号に掲げるものは、同法第70条第1項の規定にかかわらず、当該各号に定める期限又は日から七年を経過する日まで、することができる。この場合において、同条第3項及び第4項並びに同法第71条第1項の規定の適用については、同法第70条第3項中「の規定により」とあるのは「及び租税特別措置法第40条の3の3第22項（非居住者の内部取引に係る課税の特例）の規定により」と、「、前二項」とあるのは「、前二項及び同条第22項」と、同条第4項中「の規定により」とあるのは「及び租税特別措置法第40条の3の3第22項の規定により」と、「、第1項」とあるのは「、第1項及び同法第40条の3の3第22項」と、同法第71条第1項中「日が前条」とあるのは「日が前条及び租税特別措置法第40条の3の3第22項（非居住者の内部取引に係る課税の特例）」と、「同条」とあるのは「前条及び同項」と、同項第4号ロ中「前条」とあるのは「前条及び租税特別措置法第40条の3の3第22項」とする。 一非居住者が内部取引価格を第1項に規定する独立企業間価格と異なる額とした事実に基づいてする所得税に係る更正決定又は当該更正決定に伴い国税通則法第19条第1項に規定する課税標準等若しくは税額等に異動を生ずべき所得税に係る更正決定　これらの更正決定に係る所得税の同法第2条第7号に規定する法定申告期限（同法第61条第1項に規定する還付請求申告書に係る更正については、当該還付請求申告書を提出した日） 二前号に規定する事実に基づいてする所得税に係る更正決定若しくは国税通則法第2条第6号に規定する納税申告書（同法第17条第2項に規定する期限内申告書を除く。以下この号において「納税申告書」という。）の提出又は当該更正決定若しくは当該納税申告書の提出に伴い前号に規定する異動を生ずべき所得税に係る更正決定若しくは納税申告書の提出に伴いこれらの所得税に係る同法第69条に規定する加算税についてする賦課決定　その納税義務の成立の日

２３ 非居住者が内部取引価格を第1項に規定する独立企業間価格と異なる額としたことに伴い納付すべき税額が過少となり、又は国税通則法第2条第6号に規定する還付金の額が過大となつた所得税に係る同法第72条第1項に規定する国税の徴収権の時効は、同法第73条第3項の規定の適用がある場合を除き、当該所得税の同法第72条第1項に規定する法定納期限（同法第70条第3項の規定による更正若しくは賦課決定又は同条第4項の規定による賦課決定に係るものを除く。）から二年間は、進行しない。

２４ 前項の場合においては、国税通則法第73条第3項ただし書の規定を準用する。

２５ 第22項の規定により読み替えて適用される国税通則法第70条第3項の規定による更正若しくは賦課決定又は同条第4項の規定による賦課決定により納付すべき所得税に係る同法第72条第1項の規定の適用については、同項中「（第70条第3項」とあるのは「（租税特別措置法第40条の3の3第22項（非居住者の内部取引に係る課税の特例）の規定により読み替えて適用される第70条第3項」と、「、第70条第3項」とあるのは「、同法第40条の3の3第22項の規定により読み替えて適用される第70条第3項」と、「第70条第4項」とあるのは「同法第40条の3の3第22項の規定により読み替えて適用される第70条第4項」とする。

２６ 第1項の規定の適用がある場合において、非居住者の恒久的施設と当該非居住者（所得税法第2条第1項第8号の四ただし書に規定する条約（以下この項及び次条第1項において「租税条約」という。）の規定により租税条約の我が国以外の締約国又は締約者（以下この項及び次条第1項において「条約相手国等」という。）の居住者とされるものに限る。）の事業場等との間の内部取引に係る第1項に規定する独立企業間価格につき財務大臣が当該条約相手国等の権限ある当局との間で当該租税条約に基づく合意をしたことその他の政令で定める要件を満たすときは、国税局長又は税務署長は、政令で定めるところにより、当該非居住者が同項の規定の適用により納付すべき所得税に係る延滞税のうちその計算の基礎となる期間で財務大臣が当該条約相手国等の権限ある当局との間で合意をした期間に対応する部分に相当する金額を免除することができる。

２７ 第2項第1号イに規定する特殊の関係が存在するかどうかの判定に関する事項その他第1項から第12項まで及び第15項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。