租税特別措置法施行令 第39条

第39条 （収用等に伴い代替資産を取得した場合等の課税の特例）

法第64条第1項の規定により補償金、対価又は清算金の額から控除する同項に規定する政令で定める金額は、同項に規定する収用等（以下この条において「収用等」という。）により譲渡（消滅及び価値の減少を含む。以下第39条の3までにおいて同じ。）をした資産（以下この条において「譲渡資産」という。）の譲渡に要した経費の金額の合計額が、当該収用等に際し譲渡に要する経費に充てるべきものとして交付を受けた金額の合計額を超える場合におけるその超える金額のうち、当該譲渡資産に係るものとして財務省令で定めるところにより計算した金額とする。

２ 法第64条第1項に規定する代替資産（以下この条及び次条第9項において「代替資産」という。）は、法第64条第1項各号の場合の区分に応じ次に掲げる資産とする。 一法第64条第1項第1号、第2号、第3号の二又は第3号の三の場合にあつては、譲渡資産が土地又は土地の上に存する権利、建物（その附属設備を含む。）又は建物に附属する財務省令で定める構築物、当該構築物以外の構築物、その他の資産の区分のいずれに属するかに応じそれぞれこれらの区分に属する資産（譲渡資産がその他の資産の区分に属するものである場合には、当該資産と種類及び用途を同じくする資産） 二法第64条第1項第3号又は第3号の四から第4号までの場合にあつては、譲渡資産が当該各号に規定する資産の区分のいずれに属するかに応じそれぞれ当該各号に規定する資産 三法第64条第1項第5号から第7号までの場合にあつては、当該譲渡資産と同種の権利（当該譲渡資産が内水面に係る漁業権である場合には、当該漁業権を有していた漁業協同組合又は漁業協同組合連合会がその行う水産動植物の増殖に関する事業に関し設置する基金の運用資産として取得する有価証券を含む。） 四法第64条第1項第8号の場合にあつては、譲渡資産が第1号又は前号に規定する譲渡資産の区分のいずれに属するかに応じそれぞれこれらの区分に属する資産

３ 譲渡資産が前項第1号に規定する区分（その他の資産の区分を除く。）の異なる二以上の資産で一の効用を有する一組の資産となつているものである場合には、同号の規定にかかわらず、財務省令で定めるところにより、その効用と同じ効用を有する他の資産をもつて当該譲渡資産の全てに係る代替資産とすることができる。

４ 譲渡資産の譲渡をした法人が、その事業の用に供するため、当該譲渡資産に係る前二項の代替資産に該当する資産以外の資産（当該事業の用に供する減価償却資産、土地及び土地の上に存する権利に限る。）の取得（製作及び建設を含む。以下この条において同じ。）をする場合には、前二項の規定にかかわらず、当該資産をもつて当該譲渡資産の代替資産とすることができる。

５ 法第64条第1項に規定する取得に係る部分の金額として政令で定める金額は、同項に規定する補償金、対価又は清算金の額のうち次に掲げる金額の合計額とする。 一既に代替資産の取得に充てられた額 二法第64条第1項の既に取得をした代替資産が同条第3項（同条第10項において準用する場合を含む。）の規定により代替資産とみなされた資産であり、かつ、当該代替資産につき同条第1項又は第9項の規定の適用を受ける場合における当該代替資産の取得価額のうちその適用に係る部分の金額

６ 法第64条第1項第1号、第2号及び第5号に規定する政令で定める場合は、都市再開発法による第二種市街地再開発事業（その施行者が同法第50条の2第3項に規定する再開発会社（以下この条において「再開発会社」という。）であるものに限る。）の施行に伴い、当該再開発会社の株主又は社員である者が、資産又は資産に関して有する所有権以外の権利が収用され、買い取られ、又は消滅し、補償金又は対価を取得する場合とする。

７ 法第64条第1項第3号に規定する政令で定める場合は、土地区画整理法による土地区画整理事業（その施行者が同法第51条の9第5項に規定する区画整理会社（以下この項及び第19項第2号において「区画整理会社」という。）であるものに限る。）の施行に伴い、当該区画整理会社の株主又は社員である者が、その有する土地等（法第64条第1項第3号に規定する土地等をいう。以下この項、第17項及び第19項において同じ。）につき当該土地等に係る換地処分により土地区画整理法第94条の規定による清算金（同法第95条第6項の規定により換地を定められなかつたことにより取得するものに限る。）を取得する場合とする。

８ 法第64条第1項第3号の二に規定するやむを得ない事情により都市再開発法第71条第1項又は第3項の申出をしたと認められる場合として政令で定める場合は、同号の第一種市街地再開発事業の施行者が、次に掲げる場合のいずれか（同条第1項又は第3項の申出をした者が同法第70条の2第1項の申出をすることができる場合には、第1号に掲げる場合に限る。）に該当することを、同法第7条の19第1項、第43条第1項若しくは第50条の14第1項の審査委員の過半数の同意を得て、又は同法第57条第1項若しくは第59条第1項の市街地再開発審査会の議決を経て、認めた場合とする。この場合において、当該市街地再開発審査会の議決については、同法第79条第2項後段の規定を準用する。 一都市再開発法第71条第1項又は第3項の申出をした者（以下この項において「申出人」という。）の当該権利変換に係る建築物が都市計画法第8条第1項第1号又は第2号の地域地区による用途の制限につき建築基準法第3条第2項の規定の適用を受けるものである場合 二申出人が当該権利変換に係る都市再開発法第2条第3号に規定する施行地区内において同条第6号に規定する施設建築物（以下この項において「施設建築物」という。）の保安上危険であり、又は衛生上有害である事業を営んでいる場合 三申出人が前号の施行地区内において施設建築物に居住する者の生活又は施設建築物内における事業に対し著しい支障を与える事業を営んでいる場合 四前三号に掲げる場合のほか、施設建築物の構造、配置設計、用途構成、環境又は利用状況につき申出人が従前の事業を継続することを困難又は不適当とする事情がある場合

９ 法第64条第1項第3号の二に規定する補償金を取得するときから除かれる同号に規定する政令で定める場合及び同項第6号に規定する政令で定める場合は、資産につき都市再開発法による第一種市街地再開発事業（その施行者が再開発会社であるものに限る。）が施行された場合において、当該再開発会社の株主又は社員である者が、当該資産に係る権利変換により、又は当該資産に関して有する権利で権利変換により新たな権利に変換をすることのないものが消滅したことにより、同法第91条の規定による補償金を取得するときとする。

１０ 法第64条第1項第3号の三に規定する政令で定める規定は、密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律施行令第43条の規定により読み替えられた密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第212条第3項の規定とする。

１１ 法第64条第1項第3号の三に規定するやむを得ない事情により密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第203条第1項又は第3項の申出をしたと認められる場合として政令で定める場合は、同号の防災街区整備事業の施行者が、次に掲げる場合のいずれか（同条第1項又は第3項の申出をした者が同法第202条第1項の申出をすることができる場合には、第1号に掲げる場合に限る。）に該当することを、同法第131条第1項、第161条第1項若しくは第177条第1項の審査委員の過半数の同意を得て、又は同法第187条第1項若しくは第190条第1項の防災街区整備審査会の議決を経て、認めた場合とする。この場合において、当該防災街区整備審査会の議決については、同法第212条第2項後段の規定を準用する。 一密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第203条第1項又は第3項の申出をした者（以下この項において「申出人」という。）の当該権利変換に係る建築物が都市計画法第8条第1項第1号又は第2号の地域地区による用途の制限につき建築基準法第3条第2項の規定の適用を受けるものである場合 二申出人が当該権利変換に係る密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第117条第2号に規定する施行地区内において同条第5号に規定する防災施設建築物（以下この項において「防災施設建築物」という。）の保安上危険であり、又は衛生上有害である事業を営んでいる場合 三申出人が前号の施行地区内において防災施設建築物に居住する者の生活又は防災施設建築物内における事業に対し著しい支障を与える事業を営んでいる場合 四前三号に掲げる場合のほか、防災施設建築物の構造、配置設計、用途構成、環境又は利用状況につき申出人が従前の事業を継続することを困難又は不適当とする事情がある場合

１２ 法第64条第1項第3号の三に規定する補償金を取得するときから除かれる同号に規定する政令で定める場合及び同項第6号の二に規定する政令で定める場合は、資産につき密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律による防災街区整備事業（その施行者が同法第165条第3項に規定する事業会社であるものに限る。）が施行された場合において、当該事業会社の株主又は社員である者が、当該資産に係る権利変換により、又は当該資産に関して有する権利で権利変換により新たな権利に変換をすることのないものが消滅したことにより、同法第226条の規定による補償金を取得するときとする。

１３ 法第64条第1項第7号に規定する地方公共団体の設立に係る団体で政令で定めるものは、その出資金額又は拠出された金額の全額が地方公共団体により出資又は拠出をされている法人とする。

１４ 法第64条第1項第8号に規定する政令で定める法令の規定は、漁港及び漁場の整備等に関する法律第59条第2項（第2号に係る部分に限る。）、港湾法第41条第1項、鉱業法第53条（同法第87条において準用する場合を含む。）、海岸法第22条第1項、水道法第42条第1項又は電気通信事業法第141条第5項とする。

１５ 法第64条第2項に規定する同項第2号の土地の上にある資産のうちその補償金に対応するものとして政令で定める部分は、当該資産のうち、当該資産に係る同号に規定する補償金の額が当該資産の価額のうちに占める割合に相当する部分とする。

１６ 法第64条第2項第1号に規定する土地等の価値が著しく減少する場合として政令で定める場合は、法人税法施行令第138条第1項の規定に該当する場合とする。

１７ 法第64条第2項第1号に規定する土地等の価値が著しく減少する場合から除かれる同号に規定する政令で定める場合は、都市再開発法による第二種市街地再開発事業（その施行者が再開発会社であるものに限る。）の施行に伴い、土地等が使用され、補償金を取得する場合（土地等について使用の申出を拒むときは都市計画法第69条の規定により適用される土地収用法の規定に基づいて使用されることとなる場合において、当該土地等が契約により使用され、対価を取得するときを含む。）において、当該再開発会社の株主又は社員の有する土地等が使用され、補償金又は対価を取得するときとする。

１８ 法第64条第2項第2号に規定する資産の対価又は資産の損失に対する補償金で政令で定めるものは、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める対価又は補償金とする。 一法第64条第2項第2号に規定する土地の上にある資産について同号に規定する土地収用法等の規定に基づき収用の請求をしたときは収用されることとなる場合において、当該資産が買い取られ、対価を取得するとき　当該資産の対価 二法第64条第2項第2号に規定する土地の上にある資産について同号の取壊し又は除去をしなければならなくなつた場合において、当該資産の損失に対する補償金を取得するとき　当該資産の損失につき土地収用法第88条（所有者不明土地の利用の円滑化等に関する特別措置法第35条第1項において準用する場合を含む。）、河川法第22条第3項、水防法第28条第3項、土地改良法第119条、道路法第69条第1項、土地区画整理法第78条第1項（大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法第71条及び新都市基盤整備法第29条において準用する場合を含む。）、都市再開発法第97条第1項、密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第232条第1項、建築基準法第11条第1項、港湾法第41条第3項又は大深度地下の公共的使用に関する特別措置法第32条第1項の規定により受けた補償金その他これに相当する補償金

１９ 法第64条第2項第2号に規定する政令で定める場合は、次に掲げる場合とする。 一都市再開発法による市街地再開発事業（その施行者が再開発会社であるものに限る。）の施行に伴い、土地等が収用され、又は買い取られることとなつたことにより、その土地の上にある当該再開発会社の株主又は社員（同法第73条第1項第2号若しくは第7号又は第118条の7第1項第2号に規定する者を除く。）の有する資産につき、収用をし、又は取壊し若しくは除去をしなければならなくなつた場合において、当該資産の対価又は当該資産の損失につき補償金を取得するとき。 二土地区画整理法による土地区画整理事業（その施行者が区画整理会社であるものに限る。）の施行に伴い、土地等が買い取られることとなつたことにより、その土地の上にある当該区画整理会社の株主又は社員（換地処分により土地等又は同法第93条第4項若しくは第5項に規定する建築物の一部及びその建築物の存する土地の共有持分を取得する者を除く。）の有する資産につき、取壊し又は除去をしなければならなくなつた場合において、当該資産の損失につき補償金を取得するとき。 三密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律による防災街区整備事業（その施行者が同法第165条第3項に規定する事業会社であるものに限る。）の施行に伴い、土地等が買い取られることとなつたことにより、その土地の上にある当該事業会社の株主又は社員（同法第205条第1項第2号又は第7号に規定する者を除く。）の有する資産につき、取壊し又は除去をしなければならなくなつた場合において、当該資産の損失につき補償金を取得するとき。

２０ 法第64条第3項に規定する政令で定めるやむを得ない事情は、工場、事務所その他の建物、構築物又は機械及び装置（以下この項及び第23項第3号において「工場等」という。）の敷地の用に供するための宅地の造成並びに当該工場等の建設及び移転に要する期間が通常一年を超えると認められる事情その他これに準ずる事情とし、同条第3項に規定する政令で定める期間は、三年とする。

２１ 法第64条第3項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項の代替資産となるべき資産に係る同項に規定する乗じて計算した金額に、第1号に掲げる金額のうちに第2号に掲げる金額の占める割合を乗じて計算した金額に相当する金額とする。 一当該資産の当該事業年度開始の日の前日における取得価額 二当該資産の前号に規定する開始の日の前日における帳簿価額

２２ 代替資産が法第64条第3項（同条第10項において準用する場合を含む。）の規定により代替資産とみなされた資産であり、かつ、当該代替資産が減価償却資産である場合における同条第8項（同条第10項において準用する場合を含む。）に規定する当該代替資産の取得価額に算入しない金額は、同条第1項又は第9項の規定により損金の額に算入された金額に、前項第2号に掲げる金額に対する同項第1号に掲げる金額の割合を乗じて計算した金額に相当する金額とする。

２３ 法第64条の2第1項に規定する政令で定める場合及び同条第2項に規定する政令で定めるときは、次の各号に掲げる場合とし、同条第1項に規定する政令で定める日及び同条第2項に規定する政令で定める日は、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める日とする。 一収用等に係る事業の全部又は一部が完了しないため、当該収用等のあつた日以後二年を経過する日までにイ又はロに掲げる資産を代替資産として取得をすることが困難であり、かつ、当該事業の全部又は一部の完了後において当該資産の取得をすることが確実であると認められる場合　それぞれイ又はロに定める日 二収用等に係る譲渡資産が内水面に係る漁業権であり、かつ、当該漁業権を有していた漁業協同組合又は漁業協同組合連合会が代替資産として水産動植物の増殖に関する事業を実施するために必要な土地若しくは土地の上に存する権利又は減価償却資産（以下この項及び次項において「増殖施設」という。）の取得をする場合において、収用等に係る事業又は生態影響調査（当該事業の全部又は一部の完了後において行われる内水面に係る河川、湖沼等の水質、流量等の変化の水産動植物の生態に与える影響に関する調査をいう。以下この項及び次項において同じ。）の全部又は一部が完了しないため、当該収用等のあつた日以後二年を経過する日までに当該増殖施設の取得をすることが困難であり、かつ、当該収用等に係る事業又は生態影響調査の全部又は一部の完了後において当該増殖施設の取得をすることが確実であると認められるとき　当該収用等があつた日から四年を経過する日（同日前に当該増殖施設の取得をすることができると認められる場合には、当該取得をすることができると認められる日とし、当該収用等に係る事業又は当該生態影響調査の全部又は一部が完了しないことにより当該四年を経過する日までに当該取得をすることが困難であると認められる場合において財務省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の承認を受けたときは、当該取得をすることができる日として当該税務署長が認定した日（当該四年を経過する日から同日以後八年を経過する日までの期間内の日に限る。）とする。）から六月を経過する日 三収用等のあつたことに伴い、工場等の建設又は移転を要することとなつた場合において、当該工場等の敷地の用に供するための宅地の造成並びに当該工場等の建設及び移転に要する期間が通常二年を超えるため、当該収用等のあつた日以後二年を経過する日までに当該工場等又は当該工場等の敷地の用に供する土地その他の当該工場等に係る資産を代替資産として取得をすることが困難であり、かつ、当該収用等のあつた日から三年を経過する日までに当該資産の取得をすることが確実であると認められるとき　当該資産の取得をすることができることとなると認められる日

２４ 前項第2号に掲げる場合において、同号に規定する税務署長が認定した日が当該収用等があつた日から八年を経過する日を含む事業年度終了の日後であり、かつ、同日までに同号の承認に係る増殖施設の取得をしていないときは、当該承認を受けた漁業協同組合又は漁業協同組合連合会は、同日を含む事業年度の法人税法第2条第31号に規定する確定申告書に当該収用等に係る事業の施行の状況、当該生態影響調査の実施の状況、当該増殖施設の取得をすることができると見込まれる日その他参考となるべき事項を記載した書面を添付しなければならない。

２５ 法第64条の2第1項に規定する政令で定めるときは、同項に規定する収用等のあつた日を含む事業年度終了の日後に同項の法人が被合併法人、分割法人又は現物出資法人となる適格合併、適格分割又は適格現物出資を行う場合において、当該適格合併、適格分割又は適格現物出資に係る合併法人、分割承継法人又は被現物出資法人が同項に規定する指定期間内に同項に規定する補償金、対価又は清算金の額の一部に相当する金額をもつて代替資産の取得をする見込みであるときとする。

２６ 法第64条の2第7項に規定する政令で定める場合は、次の各号に掲げる場合とし、同項に規定する政令で定める期間は、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める期間とする。 一法第64条の2第7項に規定する特別勘定の金額が同条第4項の規定により引継ぎを受けた同項各号に定める特別勘定の金額である場合　当該引継ぎを受けた日から同条第1項に規定する指定期間の末日までの期間 二法第64条の2第7項に規定する特別勘定の金額が同条第4項の規定により引継ぎを受けた同項第2号に定める期中特別勘定の金額である場合　同条第2項に規定する期間

２７ 法人が法第64条の2第1項の特別勘定を設けている場合において、第23項各号に掲げる場合に該当するときは、当該法人については、同条第7項又は第8項に規定する代替資産は、当該各号に規定する代替資産に該当する資産とする。

２８ 法第64条の2第10項に規定する政令で定める金額は、千万円とする。

２９ 法第64条の2第11項に規定する政令で定める金額は、千万円とする。

３０ 法第64条の2第11項に規定する法人が同項に規定する通算開始直前事業年度又は通算加入直前事業年度終了の時に同項に規定する特別勘定の金額（以下この項において「特別勘定残額」という。）を有する場合において、当該特別勘定残額が次の各号に掲げる法人の区分に応じ当該各号に定める特別勘定の金額に該当するときは、当該特別勘定残額については、同条第11項の規定は、適用しない。 一法人税法第64条の11第1項に規定する内国法人（同項に規定する親法人を除く。）　法人税法施行令第131条の13第2項第3号ロに掲げる特別勘定の金額 二法人税法第64条の12第1項に規定する他の内国法人　法人税法施行令第131条の13第3項第3号ロに掲げる特別勘定の金額

３１ 法第64条の2第17項に規定する政令で定める日は、同条第7項に規定する指定期間の末日の翌日から起算して二年以内の日で代替資産の取得をすることができるものとして同条第17項の所轄税務署長が認定した日とする。

３２ 法第64条第1項若しくは第9項又は第64条の2第1項若しくは第2項の規定を適用する場合において、これらの規定に規定する補償金、対価又は清算金の額のうち既に同条第1項の特別勘定の金額及び同条第2項に規定する期中特別勘定の金額の計算の基礎とした同条第1項及び第2項に規定する取得に充てようとするものの額があるときは、法第64条第1項に規定する代替資産の取得価額又は法第64条の2第1項の特別勘定の金額若しくは同条第2項に規定する期中特別勘定の金額を計算する場合におけるこれらの規定に規定する補償金、対価又は清算金の額は、当該補償金、対価又は清算金の額から当該取得に充てようとするものの額に相当する金額を控除した金額とする。

３３ 法第64条の2第7項から第9項までの規定を適用する場合（次項の規定の適用がある場合を除く。）において、法第64条第1項に規定する代替資産の取得価額が法第64条の2第7項又は第8項の特別勘定の金額の計算の基礎となつた同条第1項に規定する取得に充てようとするものの額（既に収用等のあつた日を含む事業年度後の各事業年度において当該取得に充てようとするものの額の一部に相当する金額をもつて取得した他の代替資産で同条第7項及び第8項の規定の適用を受けたものがある場合には、当該取得に充てようとするものの額から当該他の代替資産の取得価額に相当する金額を控除した金額）を超えるときは、その超える金額を控除した金額をもつて当該代替資産の取得価額とする。

３４ 法第64条の2第4項の規定により引継ぎを受けた特別勘定の金額を有する同項に規定する合併法人等が同条第7項から第9項までの規定を適用する場合において、法第64条第1項に規定する代替資産の取得価額が当該引継ぎを受けた特別勘定の金額の計算の基礎となつた法第64条の2第1項、第2項又は第4項第2号に規定する取得に充てようとするものの額（既に当該特別勘定の金額の引継ぎを受けた日以後に当該取得に充てようとするものの額の一部に相当する金額をもつて取得した他の代替資産で同条第7項及び第8項の規定の適用を受けたものがある場合には、当該取得に充てようとするものの額から当該他の代替資産の取得価額に相当する金額を控除した金額）を超えるときは、その超える金額を控除した金額をもつて当該代替資産の取得価額とする。

３５ 法人が、法第64条第9項（法第64条の2第8項において準用する場合を含む。）又は法第64条の2第2項の規定の適用を受ける場合には、これらの規定の適用に係る資産が法第64条第1項各号又は第2項各号に掲げる場合に該当することとなつたことを証する書類として財務省令で定める書類を保存しなければならない。