租税特別措置法施行令 第39条の24の2

第39条の24の2 （特定事業活動として特別新事業開拓事業者の株式の取得をした場合の課税の特例）

法第66条の13第1項に規定する政令で定めるものは、同項に規定する特別新事業開拓事業者（以下この項において「特別新事業開拓事業者」という。）の株式のうち、次に掲げる要件の全てを満たすことにつき産業競争力強化法第46条第2号の規定に基づく調査（以下この条において「共同化調査」という。）により明らかにされたものとして財務省令で定めるところにより証明がされたものとする。 一当該株式が法第66条の13第1項各号に掲げる株式のいずれかに該当するものであること。 二当該株式の保有が次に掲げる株式の区分に応じそれぞれ次に定める期間継続する見込みであること。 三前二号に掲げるもののほか、当該株式の取得が法第66条の13第1項に規定する対象法人（第3項第1号において「対象法人」という。）及び当該特別新事業開拓事業者の産業競争力強化法第2条第28項に規定する特定事業活動に特に有効なものとなると認められるものであること。

２ 法第66条の13第1項に規定する損金の額に算入された金額に係る部分の金額として政令で定めるところにより計算した金額は、同項に規定する減額した金額のうち当該対象事業年度（同項に規定する対象事業年度をいう。以下この条において同じ。）の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額に、その減額に係る同項に規定する特定株式の取得価額（当該取得価額が二百億円（当該特定株式が同項第1号に掲げる株式に該当する場合には、五十億円）を超える場合には、二百億円（当該特定株式が同号に掲げる株式に該当する場合には、五十億円）とする。）を乗じてこれを当該特定株式の取得価額で除して計算した金額とする。

３ 法第66条の13第1項に規定する所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額は、同項並びに同条第5項から第13項まで及び第17項並びに法第59条の3第1項の規定を適用せず、かつ、当該対象事業年度において支出した寄附金の額の全額を損金の額に算入するものとして計算した場合の当該対象事業年度の所得の金額から第1号に掲げる金額が第2号に掲げる金額を超える部分の金額を控除した金額とする。 一法人税法第57条第1項ただし書の規定を適用しないものとした場合に同項本文の規定により当該対象事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入されることとなる同項に規定する欠損金額（同条第2項の規定により当該対象法人の欠損金額とみなされたものを含む。） 二法人税法第57条第1項の規定により当該対象事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される欠損金額

４ 法第66条の13第2項第2号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同号に規定する特別勘定の金額に、同項に規定する適格分割等により移転することとなつた同条第1項に規定する特定株式（その移転することとなつたものとして共同化調査により明らかにされたものとして財務省令で定めるところにより証明がされたものに限る。）の数がその移転することとなつた時の直前において有していた同号の特別勘定に係る特定株式の数のうちに占める割合を乗じて計算した金額とする。

５ 法第66条の13第7項に規定する政令で定める金額は、千万円とする。

６ 法第66条の13第8項に規定する政令で定める金額は、千万円とする。

７ 法第66条の13第8項に規定する法人が同項に規定する通算開始直前事業年度又は通算加入直前事業年度終了の時に同項に規定する特別勘定の金額（以下この項において「特別勘定残額」という。）を有する場合において、当該特別勘定残額が次の各号に掲げる法人の区分に応じ当該各号に定める特別勘定の金額に該当するときは、当該特別勘定残額については、同条第8項の規定は、適用しない。 一法人税法第64条の11第1項に規定する内国法人（同項に規定する親法人を除く。）　法人税法施行令第131条の13第2項第3号ロに掲げる特別勘定の金額 二法人税法第64条の12第1項に規定する他の内国法人　法人税法施行令第131条の13第3項第3号ロに掲げる特別勘定の金額

８ 法第66条の13第2項の規定により引継ぎを受けた特別勘定の金額（同条第10項の特定株式（第2号及び第3号において「特定株式」という。）に係るものに限る。以下この項において「引継特別勘定の金額」という。）を有する同条第10項に規定する設定法人に係る同項の規定の適用については、次に定めるところによる。 一前事業年度から繰り越された法第66条の13第10項に規定する特別勘定の金額（第4号において「特別勘定の金額」という。）には、引継特別勘定の金額を含むものとする。 二引継特別勘定の金額に係る特定株式の法第66条の13第10項各号の取得の日は、当該特定株式につき同条第1項の規定の適用を受けた法人における当該特定株式の取得の日とする。 三法第66条の13第10項各号に定める日を含む当該設定法人の事業年度以前の各事業年度には、引継特別勘定の金額に係る特定株式を有していた法人の各事業年度を含むものとする。 四引継特別勘定の金額が法第66条の13第2項に規定する適格分割等に基因して同項の規定により引継ぎを受けた特別勘定の金額である場合において、当該適格分割等の日が当該設定法人の同条第10項第1号に定める日後に開始した事業年度の期間内の日であるときは、当該事業年度は同号に定める日を含む当該設定法人の事業年度とみなす。

９ 前項（第3号に係る部分を除く。）の規定は、法第66条の13第2項の規定により引継ぎを受けた特別勘定の金額（同条第11項の特定株式に係るものに限る。）を有する同条第11項に規定する設定法人に係る同項の規定の適用について準用する。この場合において、前項第1号中「第66条の13第10項」とあり、及び同項第2号中「第66条の13第10項各号」とあるのは「第66条の13第11項」と、同項第4号中「同条第10項第1号に定める日」とあるのは「同条第11項に規定する三年を経過する日」と、「同号に定める日」とあるのは「当該三年を経過する日」と読み替えるものとする。

１０ 法第66条の13第2項の規定により引継ぎを受けた特別勘定の金額（同条第12項の特定株式に係るものに限る。）を有する同条第12項に規定する設定法人に係る同項の規定の適用については、同項に規定する合併事業年度以前の各事業年度には、当該特別勘定の金額に係る同項の特定株式を有していた法人の各事業年度を含むものとする。

１１ 法第66条の13第13項第1号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額とする。 一特定株式（法第66条の13第13項第1号の特定株式をいう。以下この項において同じ。）の一部を有しないこととなつた場合（次号に掲げる場合を除く。）　同条第13項第1号に規定する特別勘定の金額にその有しないこととなつた特定株式の数がその有しないこととなつた時の直前において有していた特定株式の数のうちに占める割合を乗じて計算した金額 二特定株式の一部を有しないこととなつたことにより益金の額に算入すべき金額として共同化調査により明らかにされた金額として財務省令で定めるところにより証明がされた金額がある場合　当該金額

１２ 法第66条の13第13項第5号に規定する政令で定める金額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額とする。 一法第66条の13第13項第5号に規定する剰余金の配当が資本剰余金の額の減少に伴うものである場合（次号に掲げる場合を除く。）　当該剰余金の配当により減少した資本剰余金の額を特定株式（当該剰余金の配当に係る同項第5号の特定株式をいう。以下この号において同じ。）を発行した法人の当該剰余金の配当に係る株式の総数で除し、これに当該剰余金の配当を受けた同項に規定する設定法人が当該剰余金の配当を受けた日において有していた特定株式の数を乗じて計算した金額 二法第66条の13第13項第5号に規定する剰余金の配当を受けたことにより益金の額に算入すべき金額の計算の基礎となる金額として共同化調査により明らかにされた金額として財務省令で定めるところにより証明がされた金額がある場合　当該金額

１３ 法第66条の13第13項第6号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額とする。 一次号及び第3号に掲げる場合以外の場合　特別勘定の金額（法第66条の13第13項第6号に規定する特別勘定の金額をいう。次号及び第3号において同じ。）に、特定株式（同項第6号の特定株式をいう。以下この項において同じ。）の帳簿価額を減額した金額のうちその減額した日を含む事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額がその減額をした時の直前において有していた特定株式の帳簿価額のうちに占める割合を乗じて計算した金額 二特定株式の帳簿価額を分割型分割により減額した場合　特別勘定の金額に当該分割型分割に係る法人税法施行令第119条の8第1項に規定する割合を乗じて計算した金額 三特定株式の帳簿価額を法人税法第2条第12号の十五の二に規定する株式分配（以下この号において「株式分配」という。）により減額した場合　特別勘定の金額に当該株式分配に係る法人税法施行令第119条の8の2第1項に規定する割合を乗じて計算した金額

１４ 法第66条の13第2項の規定により引継ぎを受けた特別勘定の金額（同条第1項第3号に掲げる株式に該当する同項に規定する特定株式（第1号及び第2号において「特定株式」という。）に係るものに限る。第1号及び第2号において「引継特別勘定の金額」という。）を有する同条第13項に規定する設定法人に係る同項（第8号ロに係る部分に限る。）の規定の適用については、次に定めるところによる。 一引継特別勘定の金額に係る特定株式の法第66条の13第13項第8号ロの取得の日は、当該特定株式につき同条第1項の規定の適用を受けた法人における当該特定株式の取得の日とする。 二法第66条の13第13項第8号ロの設定法人には、引継特別勘定の金額に係る特定株式を有していた法人を含むものとする。

１５ 法第66条の13第14項第1号に規定する政令で定めるものは、同号に規定する特別勘定に係る増資特定株式（以下この項において「増資特定株式」という。）のうちその取得の日から三年（令和四年三月三十一日以前に取得をした増資特定株式にあつては、五年）を経過した増資特定株式であることにつき共同化調査により明らかにされたものとして財務省令で定めるところにより証明がされた増資特定株式とする。

１６ 法第66条の13第14項第2号に規定する政令で定めるものは、同号に規定する特別勘定に係る特定株式（以下この項において「特定株式」という。）のうちその取得の日から五年を経過した特定株式であることにつき共同化調査により明らかにされたものとして財務省令で定めるところにより証明がされた特定株式とする。

１７ 法第66条の13第15項に規定する政令で定める金額は、法人税法第64条の5第1項に規定する通算前所得金額（次項において「通算前所得金額」という。）及び同条第1項に規定する通算前欠損金額（次項第1号イにおいて「通算前欠損金額」という。）とする。

１８ 法第66条の13第15項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項の通算法人の同条第1項、第5項から第13項まで及び第17項並びに法第59条の3第1項の規定を適用せず、かつ、当該対象事業年度において支出した寄附金の額の全額を損金の額に算入するものとして計算した場合の当該対象事業年度の所得の金額のうち基準通算所得等金額（第1号に掲げる金額に第2号に掲げる金額が同号及び第3号に掲げる金額の合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額をいう。）に達するまでの金額とする。 一イに掲げる金額からロに掲げる金額を控除した金額 二当該通算法人の当該対象事業年度の通算前所得金額 三他の通算法人の他の事業年度の通算前所得金額の合計額

１９ 第17項に規定する通算前所得金額及び通算前欠損金額は、法第57条の7第1項、第57条の7の2第1項、第59条第1項若しくは第2項、第61条の2第1項又は第61条の3第1項の規定により法第66条の13第15項の通算法人の対象事業年度又は他の通算法人の他の事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される金額、法人税法第59条第3項の規定により当該対象事業年度又は他の通算法人の他の事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される金額（法人税法施行令第112条の2第8項の規定により同項に規定するないものとされた欠損金額とみなされる金額を除く。）、同法第59条第4項の規定により他の通算法人の他の事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入される金額（同法第57条第5項の規定によりないものとされる金額を除く。）及び当該対象事業年度又は他の通算法人の他の事業年度において支出した寄附金の額の全額を損金の額に算入するものとして計算した金額とする。

２０ 第18項の場合において、他の通算法人の他の事業年度の控除未済欠損金額が当初控除未済欠損金額（他の通算法人の他の事業年度の確定申告書等（期限後申告書を除く。）に添付された書類に当該他の通算法人の当該他の事業年度の控除未済欠損金額として記載された金額をいう。以下この項において同じ。）と異なるときは、当初控除未済欠損金額を他の通算法人の他の事業年度の控除未済欠損金額とみなす。

２１ 第18項の通算法人の対象事業年度において、法人税法第64条の5第8項の規定の適用がある場合には、前項の規定は、当該対象事業年度については、適用しない。

２２ 法第66条の13第1項、第5項から第9項まで、第13項又は第17項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算については、同条第1項の規定により損金の額に算入される金額（増資特定株式（同条第2項第2号に規定する増資特定株式をいう。以下この項において同じ。）に係る部分の金額に限る。）は、法人税法施行令第9条第1号イに規定する所得の金額に含まれるものとし、法第66条の13第5項から第9項まで、第13項又は第17項の規定により益金の額に算入される金額（増資特定株式に係る部分の金額に限る。）は、同号イに規定する所得の金額に含まれないものとする。

２３ 法人の有する同一銘柄の株式で次に掲げる株式が二以上ある場合には、これらの株式については、それぞれその銘柄が異なるものとして、法人税法施行令第二編第一章第一節第二款の二第一目の二の規定を適用する。 一当該対象事業年度において取得をした各特定株式（法第66条の13第1項に規定する特定株式をいう。次号において同じ。） 二各特別勘定（法第66条の13第1項の特別勘定をいう。）に係る特定株式 三前二号に掲げる株式以外の株式

２４ 第33条の4第6項の規定は、法第66条の13第1項、第5項から第13項まで又は第17項の規定の適用がある場合における法人税法及び法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和四十二年政令第106号）の規定の適用について準用する。この場合において、第33条の4第6項中「、法第57条の7第1項の規定」とあるのは「、法第66条の13第1項の規定及び特別益金算入規定（同条第5項から第13項まで及び第17項の規定をいう。以下この項において同じ。）」と、「とする」とあるのは「とし、法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和四十二年政令第106号）附則第5条第1項第2号に規定する所得の金額は、法第66条の13第1項の規定及び特別益金算入規定を適用しないで計算するものとする」と読み替えるものとする。